柯南听到琴酒说手提箱里的东西不对，竹内肯定也有问题，所以他非常想要看看竹内的手提箱是怎么回事。可竹内知道手提箱里是八嘎弹，怎么可能打开？就在他们僵持的时候，小兰过来找柯南。柯南趁机耍赖吵闹，把其他人也引了过来。
中岛说道：“不是把手提箱寄存在门口吗？你为什么突然跑去取出来了？”
竹内狡辩：“我想取就取，又没规定不能取。而且里面是我做的企划，怎么能随便给别人看！”
这种样子怎么看都非常可疑。社长生气地说：“到底怎么回事？”
毛利干脆动手把手提箱抢了过来。竹内惊恐地大叫：“里面是八嘎弹！”
所有人都吓得后退，毛利举着手提箱脸都青了，想把手提箱丢掉又不敢动，整个人僵住了。竹内说：“只要不打开手提箱就不会爆炸。”
发生了这种事当然要报警了，手提箱被警察拿走。在人被带走前，柯南赶紧麻倒了毛利，躲起来用变声领结问：“竹内先生，你交换了自己和中岛的号码牌，为什么手提箱会出现在这里？”
竹内说：“我不知道，是有人发邮件给我，说我的手提箱被放在了这里。”
柯南又问：“中岛先生，你是在小兰之前寄存箱子的，号码为什么变成了三位数？”
中岛本来还在装傻，竹内的手提箱出了问题跟他没关系，没有牵扯出他的事。他担心交易，但也只能等到回去后再联系龙舌兰。被柯南这样一问，所有人都盯着他，他不得不说出交易的事。
另一边，琴酒离开会场后，伏特加向他汇报了最新进展。因为意识到交易出了状况，中岛那边可能会泄漏消息，所以龙舌兰取走正确的手提箱后立刻去把鸡尾酒酒吧炸掉了。
琴酒没在意这些事，他现在没条件说离开黑衣组织就离开，所以还要替黑衣组织做事，龙舌兰帮他清理了痕迹还让他省力了。
但这件事却给柯南造成了很大的冲击，他本以为自己终于抓住黑衣组织的蛛丝马迹，顾不上自己的行为会显得可疑，急吼吼地冲向鸡尾酒酒吧，结果还没到就看见了爆炸。
黑衣组织居然那么快就展开了行动。别看他又是推理又是追问，其实整个过程不是很长，黑衣组织却已经安装好了八嘎弹。很可能在龙舌兰和琴酒发现交易出岔子的那刻，就马上决定把鸡尾酒酒吧毁掉，而且也不在乎炸掉一个在商业楼里的酒吧会不会波及到无辜路人。
黑衣组织是那么果断、强大、冷酷，柯南意识到他要对付的是怎样恐怖的存在。他的身份如果暴露，那么不只是他，他身边的所有人都会死。
之后的一段时间，柯南只能乖乖上学，同时因为各种原因遇到案子。如果不是柯南世界的时间诡异，搜查一课的人就要不够用了，但米花町的凶宅变多，柯南有着不可推卸的责任！
转折是在某个黑皮高中生侦探到来时出现的。柯南刚用新一的身份给小兰打过电话，回到侦探事务所就看见平次正在纠缠毛利。虽然有“东工藤，西服部”的说法，但因为柯南没有怎么关注其他高中生侦探，所以他不认识平次。
因为遭遇了变小事件，柯南的警惕心很强，又才经历过黑衣组织炸酒吧，他甚至有些风声鹤唳，所以他很奇怪平次为什么一定要找到他。
平次的解释是，他一直很好奇和自己并称的工藤是怎么样的，而最近工藤突然消失，于是他就跑过来确认下发生了什么。
平次把老白干递给柯南，然后继续和毛利、小兰说话。柯南因为感冒鼻塞，失去了嗅觉，所以没闻出来老白干浓烈的酒味，直接喝了一大口。他的酒量等于没有，立刻就晕了。
紧接着来了个委托人，平次厚着脸皮也跟着一起去。之后就是外交官杀人事件。这是两个侦探第一次会面，也是第一次合作/竞赛。柯南本来想既然有平次在，就算要让这个莫名其妙要比赛的家伙得意，也是没有办法。他的身体不适，而且有平次在，麻醉毛利可能被发现。
可是平次掉入了凶手的陷阱，柯南又不知道怎么回事变了回去。当他说出那句振聋发聩的话：“推理是不分输赢……不分高低的。因为真相永远只有一个！”
平次愣住了，心脏很用力地跳动了两下。他很喜欢推理，也的确很有推理能力，经手的案件超过了一千件，所以他是有几分傲气的，而且还很有好胜心。就是因为太想赢了，他才会失去冷静，做出了错误的推理。
平次突然发现新一很难受的样子，脸上都是汗，问道：“你没事吧？”
新一浑身像要融化一样热，这熟悉的感觉让他意识到自己将要变回去了。他必须找个地方躲起来，不能在众目睽睽下变小。“我没事。”他捂着胸口往厕所跑，在最后一刻变了回去。
平次追过去的时候，小兰和柯南正面面相觑。平次不像小兰那样好糊弄，新一明显非常难受，这时候不去医院，非要马上跑去解决什么困难事件，也太可疑了。但是他也联系不上新一，所以只能先回大阪了。
但是回到大阪后，平次总是想起新一，想他到底生什么病了，有没有去医院，更多的是想起新一说那句话时的模样，虽然虚弱，但格外的闪闪发光。可以说新一是对平次产生影响的。
而另一边，因为琴酒工作日要上班，所以赤井在周末去找他——对此赤井狠狠吐槽，作为法外狂徒，讲什么朝九晚五？
赤井跟琴酒做的第一个交易就是打听雪莉的下落。不像没有换手机号的他们，他已经联系不上雪莉了。琴酒不是个愿意先验货再付款的人，赤井觉得既然都同意进行这种交易了，那么先do后do都无所谓。
隔了两年，但亮的互动依然酣畅淋漓。在回美国后，赤井没有再谈恋爱，一方面他没这个心思，另一方面他也觉得找不到琴酒那样合拍的。总之，他现在不管是和琴酒纯交易，还是掺杂了一点个人情感，他都不会再经历当年和朱蒂、明美分手的情况。
当然
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和琴酒有联系的事情是牢牢保密的，赤井出来都是借口外出调查。即使他的道德底线有些灵活，但面对同事们信赖的眼神，他还是有一点点心虚。
对琴酒来说，雪莉的下落不算什么重要的情报，反正赤井知道了也只能偷偷地保护，不会告诉其他人，也不会跟雪莉挑明。赤井只是把FBI当作工具，他没有忠心到想要为FBI、美国谋取利益。他要是知道了雪莉变小，绝对会保守秘密，返老还童这种东西能让全世界疯狂。而且这种技术如果成熟了，能够享受的绝对不是普罗大众，甚至造成的连锁反应会对这个世界造成什么影响难以想象。
这是潘多拉之盒，绝对不能打开。
琴酒说：“因为宫野明美的事，雪莉通过罢工向组织抗议，然后逃跑了。现在以小学生的身份在帝丹小学上学。”
“小学生？”赤井表情失控。
“就是她研究的那个药。”
赤井在卧底的时候听琴酒提过，但琴酒一直不肯说那是什么东西，但好像一直被当d药用，原来还有这个功效吗？他在知道返老还童之后，果然决定隐瞒下来。同时他还想到了另一件事，那就是琴酒对雪莉的事情一清二楚，但没有抓雪莉，也没有向组织汇报，这就很耐人寻味了。赤井猜不到琴酒是为了摆脱反派破灭结局，他认为琴酒是因为不想要这种药面世。
赤井在去查看雪莉的情况时，不可避免地注意到柯南。柯南实在是太聪明了，而且也比同龄人稳重。如果只有他一个，那可能是天才，但他旁边还有个小哀……而且他们两个人在一起的时候就不会刻意假装小孩。
既然琴酒知道小哀是雪莉，不可能没发现柯南的奇怪之处。赤井感慨，琴酒到底知道多少东西？又有什么打算？
介于谁都想不到琴酒的真实目的，他的形象在赤井心中越发深不可测。甚至连琴酒日常摸鱼都被他理解出了别样的意义。
然而另一边，琴酒照样完成一定的工作后就开始摸鱼。可能因为休息好了，他还胖了一点。他也干了不少工作，也不能说他不好。他没那么卷了之后，原来那些想要和他竞争的人当然乐意看到。所以在这个平衡下，他过得不错。
周日的时候，琴酒和将军一起去狗狗公园玩，黑也在。琴酒对这个气质忧郁的帅哥有印象，好像将军和黑是因为猫越来越熟的。琴酒在钢丝上走多了，直觉很准，他总觉得黑不简单，但又没证据。转念一想，将军想吃亏也难吧，他也不喜欢掺合别人的事。
黑最早创造偶遇是想要看看将军为什么总是出现在便利店，结果越接触越多，最后变成了现在这样。黑心想他这是在接近邪恶组织干部，获取情报。虽然他们好像是在喂猫、逛街……但这是为了让将军放松警惕！
三个人里其实只有琴酒养狗了。将军养了一只机器猫，根本不能带出来。当他们向狗狗公园走去的时候，正巧遇到背着背包的赤井。因为在将军眼中，他们还是情侣，所以只能加入。