除了劳民伤财，焚书坑儒也是秦始皇被很多后人诟病的一件事。在大多数人的印象中，焚书坑儒是秦始皇暴虐无道的体现，觉得秦始皇太坏了，把儒家毁得一塌糊涂，带来了一场文化上的浩劫。实际“焚书”和“坑儒”是两码事，而且提出“焚书”的人不是秦始皇，是李斯。
公元前213年，秦始皇在咸阳宫大摆酒席，请手下们吃饭，国内的七十几名博士都参加了宴会。当时的博士是个官职，得在学术上有一定特长的人才能担任，主要职责是管文化和教育方面的事务，反正就是那会儿的高级知识分子。
酒过三巡，博士院院长周青臣站起来吹捧秦始皇：“以前秦国的土地不过千里，全靠陛下的圣明，现在太阳和月亮能照到的地方，没有不被我们大秦征服的。现如今天下推行郡县制，百姓们安居乐业，没有战乱，啊，伟大的陛下，您的功绩肯定会流传千古。”周青臣估计是马屁学专业博士，把马屁拍得既有文彩又有高度，秦始皇听了非常高兴，难怪能当上院长呢。
但不是所有博士都学过马屁，一个叫淳于越比较耿直，他和秦始皇说：“陛下别听周青臣瞎扯，他就是个马屁精，这样阿谀奉承只会加深君主的过错。臣听说周称王天下一千多年，分封宗族和功臣来给自己打工，现在陛下虽然夺得了天下，但你没有可靠的帮手，万一以后出现了齐国田氏、晋六卿那样的权臣怎么办，谁来帮您呢？依我看，还是之前的分封制好。”
淳于越是齐国人，典型的低情商知识分子。郡县制是秦始皇力推的，淳于越却说还是分封制好，一番话下来不但得罪了周青臣，更是激怒了秦始皇。秦始皇表面没有发作，他把这事交给了李斯，说道：“丞相，你看看这事该如何论断。”李斯这时已当上了丞相。
李斯很会来事，也懂秦始皇的想法。秦始皇是喜欢把权力抓在手里的人，所以当时李斯坚决支持郡县制，自然是顺应了秦始皇的心意，而支持分封制的前丞相王绾则慢慢退出政坛，被李斯取代。李斯还写得一手好书法，秦朝统一使用的字体小篆就是李斯发明的，秦始皇几次出游立碑刻字也都是李斯的手笔。现在，李斯是秦始皇最信赖的人。
当秦始皇把周青臣和淳于越的言论交给李斯处断，李斯马上心领神会，选好了立场，开始了下面这段著名的发言：“同志们，时代变了。陛下开创了丰功伟业，迂腐的读书人怎能理解。淳于越说的是之前的事，周王室已被大秦所灭，他们有什么值得效仿的？你们这些读书人，不干些切合实际的事，还拿以前说事，批评现在的制度，这就叫瞎哔哔。”
李斯顿了顿，转而向秦始皇跪拜，说道：“李斯斗胆向陛下建议，如有不妥之处，甘受死罪。以前天下混乱，诸侯并起，读书人喜欢称道古代，批判当下，通过耍嘴皮子来证明自己的学术信仰。如今天下一统，这些读书人仍然私下玩自己的那一套学说，上班的时候乱说，下班了也乱说，在我看来他们不过是沽名钓誉之流，只是为了再君主面前表现自己。这种情况一定要禁止，不然上则威胁到陛下的权威，下则结党营私，混乱超纲。”
秦始皇听了很满意，李斯这家伙果然是个明白人，秦始皇问李斯：“这要怎么禁止呢？”李斯说：“把其他国家的史书都烧了，就留下我们自己的。《诗》、《书》等百家书籍都由国家图书馆统一管理，民间不得私自持有。除了医药、农耕这些科学书，民间的百家书籍三十天内送到官府烧掉，超过时限的受墨刑。以后有人敢私下议论百家学说的，当街问斩。敢以古非今的，灭他全族。官员知情不报的同罪。以后想要学习可以，只准到官家来学，只开设法律专业。”
秦始皇非常赞同，说：“就按丞相说的办。”就这样，焚书运动开始了。李斯的目的其实很明确，就是国家垄断学术，统一思想，构建标准的价值观，扼杀所有危害政权的思想。这是一种单纯的政治手段，并不是为了发扬法家故意针对其他学派。
从定罪量刑就可以看出统治阶级的态度，私下持有书籍不拿去烧毁，只是墨刑，在额头上刺字罢了，但你拿出来议论不行，更不能说国家制度的坏话，那是要灭全族的。焚书运动对文化固然是一种破坏，但没有那么严重，只不过对读书人来说，太伤自尊了。秦之后儒家作为主流学派，自然对秦始皇焚书一事口诛笔伐，添油加醋。