伏羲女娲离开之后，五子各自在自己辖地发展，百万年过后，太昊在东方之地靠近大海，得水滋润木系法则突飞猛进，终于把木系法则修成九九圆满，其他各系也修的七七八八，木系圆满之时只见东方天空烈焰滚滚，火焰中无数丈许金乌啼鸣，下方水汽升腾，水汽中有万丈青龙盘旋雀跃，大地上草木都以肉眼可见的速度缩小，只有扶桑岛上一棵扶桑木在迅速成长，最后长成一棵高亿万里参天大树，大树根系像触手一样遍布四海。树上有九只千万丈金乌高踞树顶，其下大小金乌数以亿计，树下一位二尺高孩童双髻紧挽，二耳上各有一条青蛇缠绕，细看才发现那青蛇身上鳞甲片片，分明是二条青龙，在那孩童身旁有一头小母牛侧卧，那母牛姿态轻松安详。
那神农带领族人来到南方，只看到南方大地满是崇山峻岭，山上山下草木旺盛，长满各种奇花异果，山下溪水潺潺，水中怪石嶙峋，各种不知名的鱼儿在其中嬉戏游玩。神农安排众人各自寻找安息之处，然后教大家伐木为屋，种粟为粮。于是神农一族定居于这片崇山峻岭之间，不知道过去多少年，忽然从草木中散发出奇怪的白雾，白雾中又有细如针尖的小虫。有人无意间吸入白雾后轻者肚里像有万千蚂蚁在啃咬，痛的在地上打滚，重的当场就哀嚎连连然后七窍流血而亡。神农听说了就亲自过来查看，他通过八卦推演，知道是山中有了瘴气和蛊虫，于是他跋山涉水尝遍千万种草药，终于找到了治疗瘴气和蛊虫的药方。他又亲手收集了那瘴气和蛊虫，经过仔细研究亲自尝试，他培育出了更多品类的瘴气和蛊虫，利用万物相生相克之道，创造出以蛊治蛊以瘴灭瘴之术。
于此同时，西方少昊部中央轩辕部也被这瘴气和蛊虫所害，听说神农能治疗，纷纷上门请神农医治，但因为瘴蛊肆虐，有的人当场就已经死亡，有的人还没走到神农处也死去了。为了族人的生命和本族的兴盛，轩辕和少昊亲自到神农处请神农到自己族地救治族人。神农那时候已经教会了很多子孙治瘴蛊之法，于是带领族人来到中央和西方之地治疗瘴蛊之疾。神农看到所到之处瘴蛊比他们族地更严重，就怀疑这个不是偶然的事情，而是有人故意在散发瘴蛊，于是一面安排子孙四处救治病人，一面自己亲自去寻找瘴蛊的源头。
神农走遍千山万水只看到遍地瘴蛊肆虐，他一边灭瘴蛊一边继续不停寻找源头。一天他来到泰泽之水，只见到水中出现一长着乌龟头身体是长蛇的神将，手中紧握一柄宝剑，大声喝到来人站住，你来我泰泽干什么？神农说我为灭瘴蛊而来，请问你们这里怎么看不到瘴蛊？那神将哈哈大笑道灭瘴气？凭你吗，你还是先把命留在这里吧！说完不等神农回答，手中宝剑朝神农劈头砍来，只见宝剑水意泛泛，神农微微一笑，轻喝一声:定!只见那龟头蛇身神将被定在空中动弹不得。神农收起神术，那龟头蛇身神将立马跌入河中，他知道自己压根不是前面农夫打扮的人对手，于是恨恨道你在这里等着，我去喊我主人来。神农轻笑道你速速去把你主人喊来，不然休怪我闯进去。
神农在前面和龟头蛇身神将答话的时候就已经默运神念，他在神识扫视中已经探得下面河中有浓郁的瘴蛊之气，那瘴蛊之气凝聚而不散只有三个小团，其他地方风清水彻，所以他猜测已经找到瘴蛊之源了，他背手屹立河边，静待龟头蛇身神将会带来何人。。。。。
神农屹立河边片刻，就看到河水突然翻滚涌动，三道水柱冲天而起。神农定睛望去，只见那水柱之中都有一个人站立其中，中间水柱中那人看上去十七八岁模样，高约五尺，头如笆斗，一身杏黄肌肤却干枯如柴。左边一人约摸十四五岁，身高十丈，头颅就像五丈高竹竿，身子也在五丈左右却横阔十丈，一身肤色也是蜡黄，整个人看上去就像在土丘上插了根旗杆。右边那人七八岁年龄，就像一个二十丈大黄球在碧绿水柱中不停旋转。
神农正要开口，就听那中间笆斗头男子暴喝一声哪里来的不知死活的家伙，竟敢打伤本王属下！神农一听喝到何方小子，竟不顾天道，在这天下散布瘴蛊，残害生灵，今天老夫要替天行道，为天下苍生除害。三人中左边那土丘旗杆哈哈大笑，说你这南方农夫好大口气，竟敢从南方跑来我北方撒野，今天本王定让你有来无回。说话间只见他颈脖上一圈红色珠子迅速变成丈许大小，颜色也从红色变成土色，土珠中冲出一团漆黑瘴气，神农运目一看，只见那瘴气中有万千蛊虫龇牙咧嘴露出贪婪之色。神农微微一笑，道米粒之珠在老夫面前也想放光华？他随口吐出一缕火焰，只见那火焰呈火红色，是神农通过把木中火、石中火、空中火三种火焰合成的三味真火，属于他的最低等真火，但这三昧真火对瘴蛊瘟疫等却最有效，是瘟疫的克星。
那三昧真火还没有靠近土珠，就听土珠砰的一声爆裂消散的无影无踪。土丘旗杆男子大怒你这糟老头竟敢坏我法宝，今天我定叫你求死不得求生不能！只见他双手掐动法诀，慢慢的从土丘丹田中飞出一个寸许大漆黑珠子，珠子随风一晃，里面冲出一只漆黑蛊虫，这蛊虫乃是他本名丹田所化，只见蛊虫忽然消失，再出现时离神农已经只有十丈距离，神农笑道你这孽障，今日是自作孽不可活。也不见他运功，仍旧只是嘴巴一张一团三昧真火飞出裹住黑色蛊虫，只听土丘旗杆男子哎哟一声，嘴中喷出黄色血液，身子蜷缩一团。其他二人大惊，黄球小孩赶紧飞过去扶住土丘旗杆男子，笆斗头男子对神农喷出一口黄沙，只见那黄沙中满是鬼哭狼嚎之声，阵阵阴风席卷大地。神农身上衣袍无风自动，一股炽热风浪吹向那团黄沙，风到之处黄沙烟消云散。
神农正待将风浪袭向三人，那笆斗头男子大惊，大喊道你不能杀我们！神农微微一怔，问道为何？笆斗头男子说我们是北方玄帝颛顼的儿子魍魉、虐鬼、穷鬼，你杀了我们我父帝必然为我们报仇灭你全族。神农哈哈大笑我乃南方炎帝神农，今替天行道为天下苍生灭你三人，你父又怎么能为你们报仇呢？就算他想报仇又奈我何？
穷鬼一怔，眼珠一转跪下说你既是炎帝，那我兄弟就是你的侄子，你可以管教我们，但不能杀我们，不然你将要担上杀子侄的恶名。神农也是一怔，沉思片刻说我今天可以饶了你们，但死罪可免活罪难逃，你们要向我发誓今后再也不出来荼毒生灵，然后我再废除你们的修为。穷鬼自知压根不是神农对手，牙一咬说但听炎帝发落，我兄弟保证今后不再出来散发瘴蛊。神农随手破开他们丹田，废除他们修为。魍魉、虐鬼、穷鬼兄弟三人跪谢神农不杀之恩，然后相互搀扶着向北逃去。
从此南方、西方、中央瘴蛊消失，亿万生灵感谢神农救命大恩，齐齐高诵南方炎帝！于是神农隐隐有南方、中央、西方共主之名。
魍魉、虐鬼、穷鬼逃回北方玄冥宫，向父亲颛顼哭诉，说被神农差点打死，侥幸逃得命来，颛顼大怒，又听三个儿子说神农让他们带话给他，不日他将亲自来玄冥宫向颛顼问罪，颛顼怒火中烧，大吼一声神农，我们本是兄弟，你如今这样欺凌我，我定要出这口恶气！