西厂受司礼监领导，提督由司礼监秉笔太监兼任。设二局二司三大队，授三直辖官。
所谓二局，即西厂的两个次级行政单位，执行局与稽查局。而二司则是稽查局下辖的外稽司和内稽司。
圣旨开厂前，“临时西厂”只有执行局。圣旨开厂后，稽查局才正式挂牌开衙。
执行局暂编三个执行大队。每个大队下辖81个12人小队，并设若干斥候骑兵队。主要任务是外驻厂卫和领旨拿人。此外，如果圣上有特旨，还可能接受外派协助钦差。此间，钦差暂领外派执行部队的最高指挥权。
稽查局是文职机构。其中，外稽司负责对厂卫、内官二十四衙门的监察活动；而内稽司则专事对西厂内部的监察。监察的项目包括：任务执行过程、月度财务流水、官员上任前的政审、官员卸任后的清查。
西厂提督、稽查局局长、外稽司司长合称西厂三直辖官，由皇帝本人任免。
执行局局长由西厂提督疏请司礼监上奏皇帝同意。可由厂督兼任，也可另选宦官担任。目前，执行局局长由提督西厂魏忠贤兼任。
稽查局局长不由宦官担任，而由皇帝亲自拣选的妃嫔担任。由于该妃嫔掌内官监察、权势极重，所以在后来稽查局局长也被称为，继皇后和太子生母之后的“第三宫”。为防止后宫干政，“第三宫”晋升皇贵妃或生子后自动卸任。
内稽司司长由稽查局局长奏请皇帝同意，可由局长本人兼任，也可另选宦官担任。目前，内稽司司长由稽查局局长米梦裳兼任。
外稽司司长仍由宦官担任，但不由厂督和稽查局局长任免，而由皇帝本人任免。
外稽司司长是西厂三直辖官里唯一一个通过考试拣选，并且有任期的职位。
司长经两试得任。第一试为笔试，每六年一次。仅限实际年龄在14到18岁之间的小黄门参加。笔试成绩前三进入面试，面试在乾清宫南书房举行，考官有且只有一個。
“西厂外稽司司长试”是目前为止从小黄门到太监最短、最快的升迁路径，如有幸得中，则一步登天。即使六年之后卸任，也会被分配内官衙门中的机要位置。
如果在职期间表现优异，既受到皇帝的器重，又得到司礼监掌印的推荐，那么直接进入司礼监担任秉笔也不是没有可能。
原则上，西厂三直辖官每半年面圣述职一次。但实际上，只有外稽司司长需要严格执行这一规定。因为提督是秉笔太监，每天都要去皇帝那里侍候，而稽查局局长则多是皇帝的宠妃......
目前，掌西缉事厂稽查局外稽司大印的掌印太监，是“南书房清账小组”中年纪最大，同时也是最聪明的“全流程核验员”王承恩。
王承恩今年十四，北直隶顺德府邢台县白岸乡白岸口村人。他净身入宫的理由和绝大多数小黄门一样，都是家贫还多生。为了减掉一张吃饭的嘴，也为了给家里谋一个发达的可能性，王承恩的父亲只能花钱找门路将幼子送进宫当宦官。
王承恩天资聪颖，有一目十行、过目不忘的本领，在王安亲往内书堂为米才人拣选学生的时候一眼就看中了他。就连王安的随侍太监曹化淳也对他青眼有加。
王承恩不是考上司长的，因为米才人一共就带了六个学生，全部塞进稽查局也填不满里边儿的缺。为了尽快让西厂动起来，朱常洛只对这个六个小黄门进行了简单的一对一面试。六场面试加起来只花了不到两刻钟。
其中表现得最好的就是王承恩。虽然他对监察、制衡等概念依旧没有一个十分明晰的理解，但也总算是卑亢有度，对答如流。和那些与皇帝单独相处就怕得浑身发抖，话都说不利索的小黄门比起来，他要好得多。
“你叫王承恩？”
“回圣上，奴婢叫王承恩。”
“很好。”
皇上好像不是在说自己答得好，而是在说自己的姓名好。每当王承恩回想起单独面圣时的情景，他就会想起圣上嘴角那略带赞许的微笑。
“司长，人带来了。”外稽司虽是文职机构，但仍配备了一个总旗的兵力供司长支配。
“好的，谢谢。”王承恩新官上任，没有经验，加之前来汇报的人看起来差不多能当他的爹了，所以他下意识地说了声谢谢。
“卑职职责所在，不敢言谢。”来人单膝下跪拱手辞谢。
大明朝的官儿是有次序的！王承恩立刻反应过来。
怀惧则少敬，过谦则无威。于是他理了理领子，摆出自以为严肃的神色，沉声道：“让他进来！”
片刻，“东厂贪帑勒索案”最关键的证人走进了外稽司司长的厅堂。
“你就是郑廉？”王承恩问道。
“小人原名关六，入府后郑国泰赐名郑廉！”郑廉被东厂的盐水杀威鞭打出了心理阴影。现在只要有穿官服的人问他姓名，他就会跪倒在地，把自己的原名和改名的过程从头到尾说一遍。
王承恩还以为自己摆出来的派头起了作用，心里不免有些小小的骄傲：“本官乃西缉事厂稽查局外稽司司长王承恩，现在要问你几个问题，你务必如实作答。”
“小人明白！小人定知无不言、言无不尽。”郑廉又磕了几个响头。
“很好。在问之前，我有义务向你说明。”王承恩拿起茶杯装模作样地喝了一口。“本案不是‘郑府抄家案’而是‘东厂贪帑勒索案’，所以你的身份是证人而非嫌犯。”
“原则上我司不会拷打你。但你必须说实话、说全面。不可撒谎、不可挑拣。你的证言将与本案嫌犯及其他证人的证言作比对，如果有异样则会重复审查，直到找出说谎的人！”
“西厂规定。证人说谎，不问缘由一概视作同案犯！到时候就不是在本官这儿审了，你明白了吗？”王承恩找到感觉了。
“小人明白！”郑廉听懂了，这个比他儿子还小的官儿是来清算东厂的。但这反而让他开始犹豫。
他之所以把郑养性的家底全抖出来，一方面是因为邹凯愠不讲道理的暴虐，另一方面则是因为郑家彻底完蛋，不会有东山再起的机会了。但天知道面前这个小孩儿和东厂有没有关系？万一又是高高举起轻轻放下，那他还有命吗？
啪！王承恩把两本书扔到郑廉面前。“这东西你认识吧？”
咚！看到两本几乎一模一样的账册，刚抬起头的郑廉又把头磕到地上：“求大人开恩！”
“认得就好。”王承恩点点头，然后向紫禁城方向拱手行礼。“提督东厂崔文升已经把他改账、贪污、勒索的事情一五一十地告诉了皇上。你明白我的意思吗？”
“还请大人给小人指一条活路！”郑廉的情绪突然崩溃，脑袋在石质的地板上磕了一下又一下。
“......”王承恩反应了好一会儿才搞懂郑廉的举动。“我只是想告诉伱这桩案子是钦案，会一查到底，你不必担心东厂的报复。而且只要你转作污点证人，那么你之前的罪行将被视作胁从，对你的处罚也可以减轻甚至免除！”
“谢大人！”