然而此战明军将领们多数都被俘虏，有；明山海卫监军：张春、明宁远中左守御千户兼塔山堡游击将军：祖大乐、明广宁中后守御千户所游击将军：祖大名、明松山堡副总兵：张吉甫、明松山堡左参将：姜新、明援辽总兵：满库、明援辽副总兵：王之敬、明广宁前屯卫守备：张国忠、明广宁中屯卫千总：张孝、明广宁前屯卫把总：李进孝、明广宁中屯卫把总：葛天德、明广宁左屯卫把总：顾朝臣、明山海卫左参将：张洪谟、明广宁左屯卫游击将军：杨华征、明广宁中屯卫游击将军：薛大湖，等33位将领被俘，士兵死者无数，统计明军阵亡与失踪共1万4千99人
被逮明将们在献俘之后，面见后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，时都行大明的君臣礼（作揖），唯独主帅明山海卫监军：张春，直立不动。
当着众人之面，后金天聪汗也并没有多说什么，而是分别派遣使者送去美味佳肴，但张监军却说道“忠臣不事二主，如若本道贪生怕死，朝廷怎能用我？“
因此坚决不吃，可经过看守人的劝告，他才勉强吃了些食物，后金巴图鲁还让他剃发易服，也被张监军给拒绝了。
恼羞成怒的后金军就将他送往古庙里囚禁，后金巴图鲁一路上准备割头发以及扒衣服，但张监军宁死不从，依旧坚持穿戴大明衣冠，始终不丧失为大明的臣子节义，不仅如此还陆续谩骂。
最终才遭到了后金巴图鲁的残忍屠杀。
而另一边在后金蒙古联军们收拾战场时，后金三贝勒：爱新觉罗·莽古尔泰，就向后金天聪汗上奏所率部队被明军重创之事。
但后金天聪汗却偶然诘问他，说道“女真语：本汗听说你率领的军队，不听从号令！并且还贻误了军机。”
可后来三贝勒却生气的说“女真语：没有这样的事。”
然而后金天聪汗却不依不饶的说“女真语：如果告你们的人属于诬告，那么应当治他们的罪，如果情况当真属实，那你所率领的一部能没有罪吗？”
说完后金天聪汗就要起身乘马，但后金三贝勒却有些不服气的说“女真语：大汗为什么单单与本贝勒过不去呢？我本来就非常的顺从，难道还想要除掉我吗？”
随即就拿起自己的佩刀，数次用眼睛怒视后金天聪汗，也让他的同母弟弟后金正蓝旗和硕贝勒贝勒：爱新觉罗·德格类，怒斥他哥后金三贝勒犯了悖逆之罪，并用拳头打他。
这让后金三贝勒更加的愤怒，还将自己的佩刀抽出刀鞘准备动手，看得后金天聪汗非常气愤，因而开始怒骂；当初后金三贝勒之母继妃：富察氏，犯罪时却被儿子后金三贝勒亲手弑母邀宠的事情。
其后诸贝勒们就商议后金三贝勒大不敬之罪，纷纷提议要夺去三贝勒爵位，降为［多罗贝勒］，并削去五牛录、罚银万两及甲胄、雕鞍马十匹、素鞍马二匹。
这时两路支援的明军都已全军覆没，就这样明辽东总镇经略：孙承宗，组织的几次援救都以失败告终，而后金蒙古联军还在围城。
10月初7日，后金天聪汗便致书给明辽东总镇总兵：祖大寿、明辽东都指挥同知：何可纲、明宁远卫右参将：张存仁、明广宁左屯卫指挥使：祖大弼、明广宁右屯卫总兵：祖大成，等将领们劝其速来投降，但仍遭到了主帅祖总镇总兵的拒绝。
于是后金天聪汗又亲自写信给祖总镇总兵，他还解释道“女真语：过去我军斩杀辽民确有其事，本汗深为懊悔，如今本汗早就下令不那样做了，至于永平府屠城一事，乃是二贝勒：爱新觉罗·阿敏，所为他也因此受到了严惩，希望祖总镇总兵大人不要存在此偏见。”
话虽如此但祖总镇总兵等将领们，却还是不信，为此后金天聪汗还让俘虏的明将连带姻亲关系的前去劝降，但无一例外都失败了。
10月初9日，后金天聪汗又派明降将：姜新，赶赴城中面谈，明辽东总镇总兵则派出明广宁中左守御千户：韩栋，来到了后金军营中谈判。
同时面对逃出去回到山海卫的明广宁中屯卫总兵：吴襄，地方官员上报朝廷，明毅宗崇祯帝：朱由检，认为吴总兵救援不利，且提前撤退导致全军覆没，被抓下狱。
至于其二子明宁远卫标统：吴三桂，却因救父有功，被加封为〈宁远卫游击将军〉。
10月24日，在登州卫衙门内，由于此次派遣北上援辽的登莱两府明军地位，都远远高于东江镇与皮岛部明军，再加上负责率军出征的明东江镇坐营左参将：沈世魁，不甘心臣服于辽东镇军阀明东江总镇总兵：黄龙，麾下。
因此故意克扣军饷，还把罪名推给黄总镇总兵头上，又加上援辽军队也就东江镇与皮岛本部装备待遇最差。
这很快就引起了东江镇与皮岛部明军将领们的不满，恰巧这时明东江镇水营左参将：李梅，又在军里搞起了走私活动，以补充军饷物资。
当即就被明东江总镇总兵将其打入大牢内，但是这个李参将却是明登州卫中军左参将：耿仲明，的亲信两人关系非常好，而明登州卫中军左参将弟弟明皮岛步兵都司：耿仲裕，又恰好在东江镇军队里任职。
他得知消息后为了救哥哥好友李参将，便写信给哥哥耿参将，而他就指使弟弟耿都司，以索要军饷为名，趁机起兵包围了黄总镇总兵东江镇衙门，并将他绑了起来，押到演武场上批斗。
还让他跪下，准备下令割掉他的耳朵和鼻子，甚至拔刀怒骂，看起来要杀了他一样，左右身边的将领们发现情况不对劲，连忙上前阻拦，并说道“耿都司大人，咱们只是要问黄总镇总兵索要军饷，眼下以绑住，弟兄们也开仓取得粮饷了，没必要在赶尽杀绝，更何况是黄总镇总兵还是朝廷任命的武将，又是辽东都指挥使司孙督师的部将，若贸然斩杀了，恐怕朝廷方面也不好交代。”
于是明东江总镇总兵就这样捡回一条性命，并被士兵松绑搀扶着走下去，而李参将也被人从牢里放出来，换成了黄总镇总兵下狱。
因此明东江镇坐营左参将：沈世魁，便站出来出谋划策，也让带头闹事的明皮岛步兵都司：耿仲裕、明金州守御千户所前锋千总：王应元，等人觉得是时候推举出一个带头者了。
就在叛军们座谈之际，在东江镇中颇有影响力的人物，现分屯于海上的明东江镇水营都司：尚可喜，在收到消息后第一时间就率军赶回皮岛，并煽动亲信以及好友们准备反戈一击。
这让意识到情况不妙的沈参将，连忙调转兵峰也加入到了平叛当中，众将们先救出黄总镇总兵，在捆绑了叛将：耿仲裕、王应元，等带头者将其斩首示众，黄总镇总兵为了表达感谢，当即提拔明东江镇水营都司：尚可喜，为〈东江镇水营游击将军〉。
在兵变平息后的上疏中，明东江总镇总兵还将明东江镇坐营左参将：沈世魁，列为平叛有功人员之首，不过也让嚣张跋扈的黄总镇总兵，在吃了这计惊险后变得谨慎起来。
同时他还上书朝廷，请求治明登州卫中军左参将：耿仲明，的罪。
然而明登州卫中军左参将对于黄总镇总兵杀死弟弟的做法十分气愤，但毕竟是弟弟行为过于胆大，因此耿参将只得向明登莱巡抚：孙元化，汇报情况要他上奏朝廷，弹劾黄总镇总兵贪污军饷，这才导致了士兵哗变。
于是朝廷派人来查，结果查来查去也没有查清楚具体情况，只是给朝廷交了个调查报告，便不了了之了。
事后参与调查的明辽东总镇兵备道：杨嗣昌，秘密上报朝廷表示此事实为安抚明登莱巡抚、明东江总镇总兵之间的利益冲突，所以才故意上报说查不出结果，其实这个索饷事件，的幕后主使应便是沈参将，但却杀了耿都司等人替罪。
10月25日，被围困近两个月的大凌河堡（广宁中左守御千户所）彻底弹尽粮绝陷入困境当中，据从城里逃出来的一个商人叫：张翼辅，的开口说“城里边先是杀战马，吃马肉，待马肉吃光了，就吃人，先吃手无寸铁的筑城民夫，也吃那些饿死的士兵，惟有几个大官还有米一二升而已，没柴就用人骨，烤人肉吃。”
很显然，此时的大凌河堡（广宁中左守御千户所）城内已经变成了一座活地狱，后金天聪汗在通事以及汉官的汇报中，了解情况后更加坚定劝降之事。
城内经过众将们的谈判明辽东总镇总兵：祖大寿，也做了最后决定，他主动写信邀请后金正白旗游击将军：瓜尔佳·石廷柱、后金三等副将：金砺，进城商议降金事宜。
当晚祖总镇总兵侄子明广宁中屯卫千总：祖可法、二子明广宁中屯卫副将：祖泽润、明援剿游击将军：刘天禄、明宁远卫右参将：张存仁，四人跟随后金正白旗游击将军一同到了后金军大营内。
后金天聪汗闻讯亲自出营迎接，四人半跪作揖便拜，后金天聪汗急忙上前一步搀扶，还以女真人最高贵的礼节抱腰礼相见，还设盛宴款待，四人被请至座中。
待谈好事情后于10月28日，明辽东总镇总兵杀死宁死不降的明辽东都指挥同知：何可纲，当即带领其余将领大开城门，率领众将们前去敌营。
后金天聪汗与后金大贝勒：爱新觉罗·代善、后金多罗贝勒：爱新觉罗·莽古尔泰，及众位贝勒众大臣们，一齐隆重迎接祖总镇总兵一行人。
双方登坛发誓祭天，待盟誓祭天完毕，后金天聪汗就握着祖总镇总兵的手进入大帐内，为祖总镇总兵设宴庆贺。