这才了台湾府北部地区，完全成为鸡肋，又加上修建了两座城池派军驻守，因此西班牙哈布斯堡王朝每年都要消耗大量资源经营，可谓是得不偿失！
这种赔本事情实在是难受，所以西班牙哈布斯堡王朝驻马尼拉总督：科奎拉，为了减少开支，他决定削减台湾府北部的军力，下令毁掉淡水城修筑的〈圣多明哥城〉，仅留部分西班牙哈布斯堡王朝驻军于「圣萨尔瓦多城」而且。
不过尼德兰王国荷属东印度公司可不希望，还有别国来跟自己抢生意，因此他打算拔掉西班牙哈布斯堡王朝残留驻军，便组织军队去趁火打劫。
9月初8日，尼德兰王国荷属东印度公司驻大员总督：保罗·杜拉弟纽司，决定派遣205位尼德兰士兵前去打探虚实，如果能打就打一仗最好。
在尼德兰军队进行到淡水城时，又遇到了当地土著居民拦截，在得知眼前的尼德兰军队是来帮助自己打压西班牙哈布斯堡王朝驻军的，因此在其土著部落酋长的带领下，还组织起了5百名土著军队，一起组成了联军攻打西班牙哈布斯堡王朝驻军圣萨尔瓦多城。
由于有土著部落带领，轻车熟路再加上尼德兰王国军队配合，一举打败了西班牙哈布斯堡王朝驻军，也让西班牙哈布斯堡王朝驻军威望大减，很多原本受西班牙哈布斯堡王朝驻军震慑的土著居民，也改投尼德兰王国阵营中。
不过此战虽然尼德兰王国军队胜利了，不过由于尼德兰军队缺乏重武器，所以无法攻入圣萨尔瓦多城中，再加上西班牙哈布斯堡王朝驻军只是战败而已，并拒绝出城投降。
这也让尼德兰军队没有办法，只能撤军返回了，但尼德兰王国却趁机控制了淡水城地区。
9月13日，此时大明帝国北部辽东都指挥使司松山堡（广宁中屯守御千户所）前线内，明东协总兵：曹变蛟，被困半月早已经抱定了必死之心。
因此当晚他就挑选了军中精壮将士，待亥时就开城直扑满清正黄旗大营，首先斩杀了阻挡自己冲击的满清正黄旗牛录章京：彰古力，身旁的明军还砍杀试图阻击的满清正黄旗士兵，无不横尸于明军雁翎刀之下。
就这样明东协总兵率部在清军大营内纵横冲突，如入无人之境，还抓住投降的明降将士询问情况。
最后选定一处最为显眼的营帐冲杀过去，而此时满清太宗：爱新觉罗·皇太极，正在此处中军帐御营内策划攻打松山堡（广宁中屯守御千户所）的事情。
军营内巡视的满清漠南蒙古额驸：博尔济吉特·多尔济，见到地上躺着满清正黄旗士兵尸体，他心想大事不妙，连忙率亲军前来阻击，随即被明军杀散。
随后满清议政大臣：郭尔罗特·布延、满清内大臣：舒穆禄·塔瞻，相继率部来战又被明军击溃，至此明军成功杀入中军帐内。
而满清太宗的正黄旗与镶黄旗护卫们，作为捍卫满清太宗的最后一道防线拼死冲上，最终刺伤了曹总兵，但明军依旧奋勇向前不畏敌军，势不可挡地将曹总兵身边的敌人侍卫们，全部砍杀殆尽。
关键时刻就连以勇毅闻名的满清镶白旗固山额真：钮钴禄·图尔格、弟弟满清镶白旗梅勒章京：钮钴禄·伊尔登、满清工部承政：爱新觉罗·锡翰、满清正白旗奉国将军：爱新觉罗·额克亲、满清镶黄旗牛录章京：钮钴禄·遏必隆，等清军将领们见无法以格斗取胜，情急之下只能占据御营寨门拼命放箭，将明东协总兵及其部下射伤。
很快清军八旗们已从混乱中反应过来，开始从四面八方向御营内集合，而曹总兵因失血过多几近昏厥！此时若有援军相助，那么明军定能反败为胜突出重围，可见满蒙联军也不是强无敌，只可惜明军将领个个贪生怕死只知逃跑！
眼下见杀入东虏建奴鞑子酋长（指满清太宗）中军帐无望后，曹总兵只得率军退回松山堡修养。
事后让满清太宗非常震怒，满清各大将领皆被处分罚银，并加强了御营周边的防御。
9月26日，卫拉特蒙古和硕特部固始汗：孛儿只斤·图鲁拜唬，发兵攻打藏巴汗：噶玛丹迥旺波，先占领卫藏大部分地区，迫使藏巴汗率领残部退守到后俄力思军民元帅府地区。
而卫拉特蒙古和硕特部固始汗则乘胜进军，并占领了藏巴汗的府邸沙鲁万户府。
10月12日，西班牙哈布斯堡王朝驻军决定加强防御，由西班牙哈布斯堡王朝圣萨尔瓦多城长官：波提罗，违背西班牙哈布斯堡王朝驻马尼拉总督：科奎拉，的指示。
重建可以俯瞰圣萨尔瓦多城的撤守堡，以免日后尼德兰军队从此地，居高临下炮击主城，但这也引起了尼德兰军队的重视。
12月20日，明毅宗信王崇祯帝：朱由检，敕令内臣十二监四司八局宦官们，不得干预朝政，并戒谕廷臣们说道“朝廷分职，原是宫府不同，臣子守官，岂容暗奸作弊，况析圭儋爵之义，宜无私交，而防微杜渐之闲，尤先近侍，无奈世风日降，士乞遂靡，虽奉公守法者固多，而行险侥幸者亦有，妩媚交欢，势权嫟就，为阿大夫之借誉，左右扫门，有路可通，无径而走，窥探泄漏，视为固然，以后内外大小诸臣，如再蹈前辙，宪典具在，朕不敢私。”
明崇祯十五年公元1642年正月初8日，巴达维亚的尼德兰王国荷属东印度公司再以，尼德兰王国荷属东印度公司驻巴达维亚中校：拉莫提，为统帅增援大员（台湾府）。
不过当地的尼德兰王国荷属东印度公司驻大员总督：保罗·杜拉弟纽司，担心夏季海风结束前，援军无法抵达大员，遂派遣尼德兰王国荷属东印度少校：哈鲁斯，带了396名尼德兰士兵再次进攻，这就是第二次圣萨尔瓦多城战役。
此时尼德兰军队已经有了重武器，所以能攻城如虎添翼，导致西班牙哈布斯堡王朝驻军总共阵亡6位士兵，损毁2台加农炮，彻底放弃抵抗，双方开始协商。
正月26日，经过商议之后西班牙哈布斯堡王朝驻军开城投降，从此西班牙哈布斯堡王朝控制台湾府北部的历史结束，还被尼德兰军队送到巴达维亚囚禁。
2月18日，满清太宗见围困已久便再次下令满蒙联军炮轰松山堡，城内明军依旧顽强抵抗，明毅宗还派遣明顺天府巡抚：杨绳武，督师军队北上救援明蓟辽总督：洪承畴，但明顺天府巡抚却走到顺天府玉田县就病死了。
无奈之下明毅宗只得又派明兵部右侍郎：范志完，领兵北上救援，又以明山海卫左参将：焦埏，出山海卫协助。
此时松山堡城内早就弹尽粮绝了，军民们争相抢食树木草皮乃至敌军尸体，明广宁中屯守御千户：夏成德，不想就这样白白饿死，便私下里送饥饿的儿子出城，前去满蒙联军大营内当做人质。
还带去书信与满蒙联军相约攻城日期，自己则作为内应。
3月初7日，满蒙联军再次来袭守城明军饿的站不起路，又在明广宁中屯守御千户开城带领下，致使城破！
城中的明辽东总镇巡抚：邱民仰，身负重伤卧病在床的明东协总兵：曹变蛟，以及明蓟辽总督：洪承畴、明辽东总镇总兵：王廷臣、明援剿副总兵：祖大乐、明宁前兵备道：张斗、明永平府监军道：姚恭、明抚宁卫游击将军：王三桢、明宁远卫右参将：江翥、明松山堡总兵：饶勋、明松山堡游击将军：朱文德，以及左右参将、游击将军、千总、把总、都司以下共计一百多位文武官员，以及明军8千余人都被俘虏。
除了满清太宗欣赏的洪总督、明援剿副总兵：祖大乐，以及投降等将领外，其余明军将士们，都被满蒙联军惨无人道地杀害了！
3月初8日，满清太宗为了再次招降明广宁中屯卫总兵：祖大寿，便送明援剿副总兵：祖大乐，到广宁中屯卫城下去劝降。
而洪总督则被押往大清国都盛京城，由于满蒙联军还在围困广宁中屯卫，而城内孤立无援早已没粮，只能率部开城归降！
这让满清太宗大喜过望，连忙命人把两位祖总兵请到自己帐内，毕竟祖氏家族在辽东都司府名望很高，有了他们何愁劝降其余明将？
当祖大寿与祖大乐跪倒时，满清太宗亲自将他俩掺扶起来，好言抚慰道“女真语：上次你俩背叛朕，是为了你们的主子，为了你的妻子儿女和宗族，朕曾经对大臣们说过，祖大寿一定不能死，如果以后再次投降，朕也决不会杀他，现在事情过去了，今后只要尽心地侍奉朕就可以了。”
此时满清太宗费尽心思才拿下来松山堡和广宁中屯卫（满清叫锦州）、广宁左屯卫，眼看攻城开支太大，便又提出要与大明议和，一来可以补充互市物资，二来不用劫掠大明，也有钱财岂不美哉？
为此还让李氏朝鲜王国作为中间人，去大明宁远卫私下提议和之事，但李氏朝鲜将领们却认为满清议和之心不诚，便上奏李氏朝鲜领议政：崔鸣吉，让其负责推脱。
4月初3日，从辽东都指挥使司前线逃回京的明兵部职方武选清吏司主事兼宁远卫监军道：张若麒、明兵部职方清吏司郎中兼松山堡监军道：张绍愉，两人汇报了松山堡兵败，以及满清方面提出的议和之事。
当即得到了明兵部尚书：陈新甲，的同意并私下奏报明毅宗眼看打不过，且国内还需要镇压流寇，因此明毅宗决定先让人去跟满清交涉，可明兵部职方武选清吏司主事却不同意，便被明兵部尚书弹劾入狱，改让明兵部职方清吏司郎中北上议和。