“你这女人，对我有什么不满吗？！难不成想去找野男人！”屋里传来男人的怒吼，紧接着是一阵酒瓶破碎的声音，还有女人的哭声。
门外的小女孩透过门缝，看着眼前这一幕。尽管已经见过很多次这样的景象，但是她的眼中仍因为恐惧而渐渐溢出泪水。
男人大闹一通后，又醉醺醺地走了出来，看了一眼端坐在客厅的小女孩，没有说话，转身出门了。
看到父亲出了门，小女孩才松了一口气，忙跑进屋找自己的妈妈。
女人此时额头流下了一些血迹，裸露的胳膊上也青一块紫一块，但她还是先抱住了自己的女儿，哽咽着说：“你没事就好，下次爸爸回来了你还是躲起来吧。”
葛城美里的童年，就是在见证父亲酒后对母亲的打骂中度过的。
长大后的美里渐渐了解到，自己的父亲是一个年纪轻轻便享誉学术界的知名科学家，在生物进化领域有着极高的建树，甚至有着一个以他的名字命名的研究所。
难道是因为自己这个继承了葛城姓氏的女儿做得还不够优秀、没有达到父亲的期望，他才不肯多回家吗？年少的美里自此认真学习，成绩总是名列前茅，希望能够改善父亲与母亲的关系。
“爸爸你看，我这次又是全班第一哦！”美里在父亲的面前炫耀起自己的成绩单，希望能够得到他的一句夸奖。
“嗯。”难得没有喝酒的教授，此时仍在看着手中的资料，头也没有抬起来。
“爸爸……”
“去妈妈那里，没看到我还在工作吗？”男人不耐烦地说道。
最后，美里还是明白了，自己的父亲或许在事业上有着巨大的成就，但是他也因此而抛弃了自己的家庭，每天都有数不完的事要他做，他根本不可能、像别人家的爸爸一样，给自己买什么礼物，或者带自己去游乐园玩。有些心灰意冷的美里仍然努力地汲取着知识，早晚有一天我要让你正视我一眼！
然而生活总是喜欢给人开玩笑的。
“美里，对不起，妈妈必须要和爸爸离婚了，我会努力争取到你的抚养权的。”被这如地狱一般的婚姻折磨得早早生出白发的女人，最终选择了离开。
但是很可惜，在日本这样一个大男子主义盛行的地方，一个女子的话语权实在是太弱了，更何况她的对手是人脉极广的葛城教授呢？不知道为什么，葛城教授对于孩子这一点始终不肯松口，他也如愿获得了女儿的抚养权。婚后不久，他被委派为秘密前往南极的“葛城考察队”的负责人，与其他几支考察队一起参与了南极大陆下发现的地下空洞的考察任务。
“这次的任务保密级别很高，可能很久都不能回来了，你就先去姑姑家住着吧。”“……我跟你一起去！”
“你想好了吗？”
“我已经决定好了。”
“……好吧，你收拾一点随身物品，等会跟我一起走吧。”
本以为与父亲有了朝夕相处的机会，能够和他改善关系的美里，又一次迎来了生活的玩笑。
第2年，也就是葛城14岁时，“第二次冲击”发生了。
2000年9月13日，葛城没有安排任务，而是在宿舍区和女儿呆在一起，当然彼此之间还是没什么话题。美里在桌前自学着高中的教材，而已经是胡子拉碴、头发有些蓬乱的葛城教授则是沉默地坐在电脑前，思索着什么。
桌上的水杯开始摇晃，出生于日本的美里第一反应就是地震来了。
“南极也会有地震吗？”美里问道。
“不对，快跟我来！”看着透过窗户传来的闪光，男人少见地露出了焦急的神色，连忙起身拉住美里就往外跑，方向却是宿舍区后的小型港口。
等到两人来到港口时，天边传来的冲击波终于到了。宿舍区的房屋很快就被吹倒，各种杂物开始乱飞，一些同样感觉情况不对、提前跑出来的人也被吹翻在地，接着被废墟掩埋，或者被杂物击中、扑倒在地。美里的背上也被一块翻飞的金属片划穿，疼得她当场就晕了过去。
“坚持住，美里！”男人一把抱起美里，奔向停留在港口的考察船，也许是为了救自己的女儿，他爆发出了前所未有的速度，很快就到达了救生舱附近。
此时，整个港口已经没有几个站着的人了。
将美里放进救生舱，男人取下来挂在自己胸前的十字吊坠，喃喃说道：“活下去，美里！你一定要活下去！”
天空中是几支不断向上延伸的白色物体，它们如鸟翼一般缓缓舒展，散发出的白光把太阳的光芒都掩盖住了。在这背景下，父亲的身影是那么的渺小而脆弱，美里费力地想要睁大眼睛再看一看那张脸，但是舱门已经关上，随后又是一阵更大的冲击波传来，美里也失去知觉，昏了过去。
等到救生舱被打捞起来时，已经是事故发生的第二天了。美里作为唯一的幸存者得到了很好的照顾，但是也许是冲击太过剧烈，船上的人发现这个女孩虽然还保留着神智，但是似乎忘记了怎么说话，总是呆呆地摸着胸前的十字吊坠。
事后的调查工作持续了很久，美里也一直呆在船上。她的“失语症”又持续了两年，直到有一天，她突然开口，吓了周围的同伴一跳。那之后她好像变成了一个话痨，遇到谁都有说不完的话，这样的情况又持续了几个月。
最后，美里恢复了正常，除了腰背上留下了一道疤痕，和其他的女生没什么区别了。凭借着优异成绩，美里在2005年考入了第二新东京市的第二东京大学，在毕业后因为父亲的缘故加入了“人工进化研究所”，现在又变成了NERV总部的一名作战部长。
这就是名为葛城美里的少女与她的父亲的故事。