大洋彼岸的内华达沙漠深处，NERV第二支部正在紧锣密鼓地筹备EVA四号机的S2机关启动实验，机库四周时不时就能看见身穿制服、行色匆匆的工人与研究员。
不同于耗费海量资金与人力、修建在地底大空洞的NERV总部，第二支部的设施大多分布在地面上，唯一有地下结构的建筑也就只有机库了。此时，一台深绿色涂装的EVA正静静地伫立其中，它的背部多出了一些结构复杂的装置与线路——正是搭载了S2机关的四号机。
机库旁的控制室内，一位头发花白的老者透过玻璃窗看着下方的EVA机体，眉头紧锁，不知在思考些什么。
“史密斯教授。”
听到有人在叫自己，史密斯回过神来：“哦，是你们啊。各个项目都检查好了？”
几位年轻的技术员不知什么时候围了过来，为首的金发青年恭敬地答道：“是的，总共32669项都检查过了，满足实验启动的最低要求。”
史密斯点点头：“嗯，为了这个紧急任务，你们已经好几天没合眼了吧。杰克，安德斯，还有布鲁克，你们去休息一会儿吧。”
“工作量都是其次……”杰克一副欲言又止的样子。
史密斯看在眼里：“你们觉得时间太紧迫了，对吗？”
心事被道破后，杰克等人也不再有所顾虑：“我们都认为，这次启动实验太仓促了，对于S2机关应该更谨慎一些。”
“你们有疑问我也能够理解。”史密斯轻叹一口气，“但是加入了E计划，就已经是身不由己了，上面有命令，我们也只好尽力完成。”
“连教授也没有办法吗？”
“我？”史密斯轻笑道，“我们这些搞研究的，终究没有什么话语权的——你们应该都听说过葛城教授吧？”
安德斯稍加思索，问道：“是率先提出S2理论的那个葛城教授吗？”
史密斯露出怀念的表情：“没错。我攻读博士学位的时候，还曾有幸和他共事过一段时间呢。”
“嗯？”几位学生都竖起了耳朵，这还是第一次从老师这里听到一些秘闻。
“这些事你们可不要外传。”史密斯掏出烟斗，划燃一根火柴，“那是15年前了，也就是那场大灾难发生之前，南极那边发现了些不得了的东西——我们现在知道大概是使徒的活体样本——葛城便受邀带领考察队去做深入研究。当时他也邀请了我，但那时我自己的课题正在关键时候，实在抽不开身就拒绝了，现在回想起来也不知是幸运还是不幸……”
三名学生面面相觑，没想到自己这位老师还有这么传奇的经历。汇集了当时全世界最顶尖一批科学家的葛城考察队，最后似乎是由于实验意外而全军覆没了，所幸研究资料都保存了下来，其中就包括葛城教授提出的S2理论。
史密斯吐出烟圈：“按照葛城的风格，他做任何实验之前一定是会反复确认各项细节以确保安全的，但是意外还是发生了——你们觉得这是为什么？”
三人听完此话，心中如坠冰窟。老师的意思不就是……
史密斯瞧见几位学生脸色有些难看，出言安慰道：“但那是15年前的事了，而且葛城教授的S2理论已被验证是正确的，样本顺利完成修复就是最好的证明。我们的实验准备也尽全力做到了最好，剩下的就只能看天意了。”
连老师都这么说了，几人也就只好暂时放下心中的不安。
“EVA四号机启动实验倒计时60分钟。”机库内的广播响起。机库内零星的技术员开始撤离，史密斯和学生们也着手对设备进行最后的检查与调试。
“居然要下雨了吗？”布鲁克望向窗外，自言自语道。天空中不知何时聚集起了厚厚的云团，仿佛遮上了一层阴暗的幕布。不过并没有几个人像他一样关心天气变化，大家只希望实验能够顺利进行。
随着倒计时最终归零，作为总负责人的史密斯一声令下，实验正式开始。
“驾驶员脑波正常，与机体完成同步。”
“动力回路畅通，S2机关开始连接。”
四号机背部的装置嗡嗡作响，修复后的S2机关正与机体进行连接。史密斯紧紧盯着屏幕上不断在红色与绿色之间跳动的数字，插在口袋中的双手已攥成了拳头。
“滴——连接完成，机体状态稳定。”
控制室内的众人都长出一口气，史密斯也忍不住闭上了眼睛，现在就只剩最后一步了。
“开始供电。”史密斯稍稍平复了一下心情，开口说道。
“启动脉冲供电！”
机库外，无数个电容组开始规律地充电放电，随之产生的剧烈而高频的电脉冲如同神经信号一般经导线传至S2机关，试图唤醒它。
“S2机关开始恢复自主运作！”
就要成功了！史密斯再次捏紧拳头。
“轰——隆——”一道白光闪过，紧接着又是一声炸雷，惊得控制室内众人的心跳都漏了一拍。
“什么嘛，原来是打雷啊。”
“吓我一跳。”
正当众人就要松一口气的时候，“嘟——嘟——”的警报声响起。
“驾驶员脑波紊乱！神经信号出现逆向脉冲！”
果然还是出问题了啊……史密斯面色凝重，但还是下令：“切断脉冲供电，弹出插入栓，终止实验！”
然而事情的走向逐渐偏离他的预料，监测机体状态的技术员慌张地报告道：“EVA拒绝信号！”
控制室内一阵骚动。EVA机体会失控的情况他们都有所耳闻，不过谁也没想到这种事会发生在第二支部。
“S2机关活性上升，能量密度超出可测量范围！”
“准备撤离！”史密斯当机立断，一拳砸开了控制台上的应急玻璃面板，拉动内部的红色扳手，厚重的复合钢板从玻璃窗前落下，将机库与控制室隔开。与此同时，研究员们纷纷起身向出口跑去。
“吼——吼——”低沉的咆哮响起。
这是什么声音？这是众人心中冒出的最后一个念头。下一秒，耀眼的白光瞬间充斥了他们的视野。
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开往第三新东京市的专列上，空荡的车厢内唯二的乘客——碇源堂与冬月耕造——相对而坐。车窗外满眼望去都是第十二使徒“夜天使”入侵造成的废墟，还有零星分布着的一些工程机械。
“这次可是跑了好多地方啊。”冬月副司令收回投向窗外的目光，“有把握吗，老碇？”
碇源堂仍在看着窗外的景象，冷笑道：“反正按照原来的剧本，我们也是要和SEELE决裂的，这下不过是把事情闹得更大了——至于说把握，所有的王牌都在我们手上，我想不到输的理由。”
冬月依然有些迟疑：“但是让东联横插一脚，会不会……”
“NERV虽是作为国联直属机关拥有了很多特权，但是开战后它们将随时被收回，届时我们必须在国联内有一个盟友，哪怕只是牵制一下SEELE那边的动作也好。而东联，毫无疑问就是我们最好的选择。”
“我还以为你会一意孤行下去，现在看来是我多虑了。”
“咳咳。”碇源堂轻咳几声以掩饰自己的尴尬。的确，按照他原来的补完计划，根本不用在意这些势力博弈。SEELE也好，NERV也好，国联也好，甚至是全人类也好，在人类补完发动、自己成神之后都不算什么——前提是初号机能够无条件服从自己。现在，事实已经证明，人类现有的科学无法完全掌握EVA的力量。在碇唯已经苏醒并选择了真嗣的情况下，自己的计划既没有了执行的必要，也没有了成功的可能。
放下了心中最后一丝疑惑，冬月话题一转：“第7期建造剩余的预算应该不够完成所有的战备改造吧？”
碇源堂抬手扶了扶眼镜：“以我们的人手，想要守住整个第三新东京市是不可能的，不如放弃地面，退守地下。而总部本来就是作为要塞进行修建的，只需要把守住各个秘密通道和列车隧道，内部储备物资足够支撑我们坚守1年。”
“嗯……”冬月点点头。
“滴滴——”消息提示音响起。
碇源堂摸出NERV的内部联络器，边看边露出一个得意的笑容。
“又有好消息了？”冬月好奇地问道。出于保密的考虑，在他们离开NERV总部直连线路的覆盖范围后，就没有再与负责留守的葛城少校联络了。
“葛城发来的消息，从国联军那边搞来了100颗标准当量的N2炸弹。”碇源堂嘴角止不住上扬，“估计SEELE那帮人要被气死了吧。”
“还有这种事？”一向不苟言笑的冬月也忍不住笑出了声，“怪不得第二支部那边这么快就把S2机关启动实验提上了日程。”
“滴——滴——”铃声响起，碇源堂拿出另一部通讯器，按下了接通键。
“情报中心来电，已确认米国第二支部发生紧急事态。”
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