柳河之役惨败，鲁之甲、李承先、钱应科等人身亡，朝廷一片大哗。
甚至在京师那边还有传闻，说是此战明军败的一塌糊涂，直接丧失了十万精锐，辽东防线动摇，孙承宗难咎其责。
实际上，柳河之役虽然败了，鲁之甲、李承先、钱应科也死在战场，可其实根本就没传闻的那么夸张，这支部队总共也就八百人，而且还逃回来一些，从这点来讲真正损失的明军也就是这么点数。
另外马世龙派兵的时候除鲁之甲、李承先、钱应科这一支部队外，还有一支偏师，这支偏师却是打了胜仗的，就在皇太极带兵猛攻鲁之甲等人时，这支偏师也打了后金兵一个措手不及，杀了几个后金建奴，其中还有一个固山，此外还救回五百余辽民。
如果从整体来说，柳河之役虽是败了，但真正的损失并不大，双方其实各有损失，充其量明军这边吃的亏比后金建奴更大些罢了。
但朝廷那边却不这么认为，随着柳河之役战败的消息传开，关于辽东大败的传闻越来越是离谱，可偏偏天启皇帝和魏忠贤却没有让人进行解释，甚至任凭这种传言越来越烈。
很快就有言官联合弹劾总兵马世龙和蓟辽督师孙承宗，就连辽东巡抚喻安性也一并弹劾，大有一副追责到底的架势。
这些背后其实是魏忠贤的授意，随着阉党的不断壮大，眼下魏忠贤和东林党的争斗中已占了上风，杨涟、左光斗等人已经完了，随着之前翻出汪文言的案子旧事重提，再包括熊廷弼和东林党勾结的罪名，处死熊廷弼后阉党直接逮捕了包括杨涟、左光斗在内的大批东林党骨干，并下了狠手。
柳河之役发生前不久，杨涟和左光斗等人已死在了狱中，心腹之患的除去让魏忠贤一伙人弹冠相庆，就连天启皇帝对此结果也很是满意。
可杨涟、左光斗等人虽死，但东林党依旧还没彻底打垮，朝中东林党的力量依旧不弱，更因为阉党对东林党的迫害，使得东林党殊死反抗，所谓百足之虫死而不僵，瘦死的骆驼比马大，曾经掌控朝政的东林党哪里有这么容易一棍子打死的？要彻底解决掉东林党现在只是一个开端呢。
接下来魏忠贤要继续向东林党下手，可摆在他面前的一道障碍是无论如何都越不过去的，这障碍就是内阁阁老、大学士、蓟辽督师孙承宗。
孙承宗是东林党的大佬，不把他给拿掉，根本不可能彻底解决东林党问题。只要孙承宗一日在蓟辽督师的位置上呆着，朝中的东林党就有足够的底气，所以对付孙承宗就是魏忠贤的下一步。
对于孙承宗，魏忠贤可没胆量和对付杨涟等人那样肆无忌惮，要知道孙承宗是天启皇帝的老师，天启皇帝对孙承宗的信任不亚于对魏忠贤。而且天启皇帝也警告过魏忠贤，绝对不能用肮脏的手段来对付自己的孙老师，孙老师帮了自己许多，他是一个能做事又肯做事的人，和其他夸夸其谈的东林党人不一样，自己的这个老师还是要保的。
就算想让孙承宗下台，逼迫他不再成为东林党的后台，天启皇帝也必须确保自己的孙老师不会沾惹上其他麻烦，最好的办法就是找个合适的理由撤掉他的蓟辽督师职务，然后让他回乡养老去。
就在这个时候，柳河之役爆发，明军战败的消息传来。等消息传到京师后，魏忠贤顿时大喜，连夜就去见了天启皇帝告知了此事。第二日，在魏忠贤的授意下关于柳河之役惨败的事就很快传遍了京师，明明只是损失几百人的小败在魏忠贤的引导下居然成了丧师辱国十万人的惨败，再加上阉党一系的言官联合弹劾，天启皇帝顺水推舟，先罢免了马世龙，接着又拿掉了辽东巡抚喻安性，至于孙承宗虽然没有直接罢免，可朝中对他的弹劾依旧不断，天启皇帝却始终不表明最后态度。
消息传到辽东，孙承宗看得明白，他心里很清楚这是天启皇帝给自己留着面子呢，希望让他自己辞职而不是由朝廷撤职。
毕竟他是帝师，和天启皇帝师徒之间是有感情的，如果天启皇帝和对付马世龙等人一样直接下旨把他撤职，这对于天启皇帝的名声不好，而且也让孙承宗这个老师为难。
孙承宗长叹一声，明白了天启皇帝的想法，当即就上折自请辞官。折子到了京师后，天启皇帝直接就驳回，给孙承宗写了一封信，信里的意思是自己知道柳河之役不管孙老师的事，孙老师是受了人牵连，朝廷中许多人弹劾孙老师有这样那样的问题，可他是绝对不信的，孙老师这些年在辽东劳苦功高，自己都是看在眼里的，让孙老师尽管放心就是，他作为皇帝，哪怕得罪了满朝文武都会保住孙老师的。
孙承宗接到天启皇帝的信后哭笑不得，他丝毫没有多想立即又写了一封辞职报告送往京师，天启皇帝依旧不许。
天启皇帝不同意那么孙承宗就再上书，态度极为坚决，两次三番，天启皇帝“无奈”只能答应了孙承宗辞官请求，下旨同意孙承宗辞去蓟辽督师的职务，但同时也给了孙承宗极大的殊荣，孙承宗特进光禄大夫，儿子世袭中书舍人，又赏赐蟒服、银币等，并派人保护孙承宗回家。
孙承宗去职后，去年就被天启皇帝起复回京的高第已经是兵部尚书了，随后天启皇帝下旨让他接替孙承宗为辽东经略。
没错，高第的职务不是蓟辽督师而是辽东经略，就是之前熊廷弼所担任的职务，天启虽然重用高第，并以他填补孙承宗离开后的空缺，但也在给予他的权限中做了限制，没有让高第接替蓟辽督师的职务，而是重新启用了之前辽东经略的职务进行替代。
高第赴任辽东经略，王永光接替他的兵部尚书之职，自此孙承宗主持辽东战事以此结局落幕。
得知孙承宗去职后，袁崇焕在辽东为孙承宗大呼不平，还摆出了一副要和孙承宗同进共退一起辞官回乡的架势。不过孙承宗很快就给袁崇焕去了一封信，信中告诉袁崇焕要以国事为重，不得意气用事，哪里有因为私人情绪而至国事不顾的道理？
在孙承宗的劝说下，本就是做些姿态的袁崇焕自然从善如流，最终还是听从了孙承宗的劝告。
当这些尘埃落定的时候，时间也到了天启五年的十月，这时候的朱慎锥也早在一个多月前就回到了大明。
林丹汗挑起的战争在朱慎锥和卜石兔的联手下以虎头蛇尾的方式结束了，因为腾格尔部的先行撤军，林丹汗最终还是没和卜石兔一较高下，很快就撤军返回了察哈尔。
回到部落，朱慎锥以此战战败的缘故追究责任，对部落进行了清洗，彻底解决了部落之前存在的隐患。经过清洗后，整个部落完完全全落到了朱慎锥的手里，再也没有人有能力影响可以到朱慎锥在部落的权威，而那些和林丹汗暗中眉来眼去，意图借此掌控部落的头领们也早就被王海暗中处置了。
整合完部落，虽然和卜石兔一战中受到了些损失，可实际上经此整合，部落的整体实力反而比以前更强了些。在做完这些后，朱慎锥又以外交和武力的双重手段对周边本就不是自己一系的小部落直接下手，找了个借口吞并了他们，更让部落的人丁增加了不少。
朱慎锥的这个做法就连林丹汗也没办法，因为腾格尔部完全是打着这部落是卜石兔一系的旗号来的，之前的战败让腾格尔部憋着一股子劲，正红着眼找人报复呢，这两个部落不巧就成了出气筒，而且他们的规模都不大，实力也弱，不找他们麻烦找谁麻烦？
就连卜石兔也没说话，因为这两个部落其实和他没太大联系，再加上之前卜石兔和朱慎锥私下的合作，临阵时卜石兔又怀着异心，甚至还起了直接干掉朱慎锥的想法。
虽然最后吃亏的是卜石兔，可这个事并没算完，事后朱慎锥让人送信给卜石兔，在信中指责卜石兔不讲信用，表现出极度愤慨的姿态。这让卜石兔很是丢脸，作为土默特名义上的首领，如果当初能干掉朱慎锥自然是没问题，可却没能做成此事，一旦朱慎锥把这事给宣扬出去，必然会给卜石兔带来坏影响，就这样卜石兔也默许了朱慎锥回到部落后的小动作，以此来弥补之前违约的行为，也算把此事给揭了过去。
前前后后花了不少时间，这才处理完部落的事。接下来就是边贸的事了，周安民在朱慎锥的建议下没有去京师任职，拒绝了田尔耕给他升官的安排。不过对于威远卫的边贸之权，周安民也没贪恋，直接就让了出去，把这个事交还给了田尔耕，这反而让田尔耕觉得很不好意思。
如果是普通锦衣卫千户也就罢了，可偏偏周安民和魏良卿的关系不一般，现在周安民一没有升官，二又丢了差事，这事要给魏良卿知道，魏良卿肯定不乐意，弄不好还会得罪魏良卿。
田尔耕想来想去只能用其他办法弥补，直接帮周安民运作了一个指挥佥事的加衔，既然周安民不肯来京师，但官还是要升的，有了这个加衔也能交代得过去，另外田尔耕索性又把位于山西的另外两个锦衣卫千户所，包括周安民原本负责的千户所都交给他负责，这样一来周安民就成了山西地位最高的锦衣卫头子。