解决掉毛文龙后，袁崇焕趁热打铁先接管了双岛的部队，接着就带着人直接去了皮岛。
到了皮岛，把皮岛的守将召集而来，当众宣布毛文龙获罪斩杀之事。得知毛文龙被斩杀，皮岛留守的毛文龙部下一片大哗，众人简直不敢相信自己的耳朵，等袁崇焕拿出毛文龙的首级后，所有人见了眼珠子都红了，跪倒在地大哭。
袁崇焕故伎重演，再一次当众宣布毛文龙的罪名，重申自己杀毛文龙是不得为之，毛文龙是国法不容，是自己取死。
虽然毛文龙死了，但他的罪名和东江镇诸位无关，他们都是大明的军士，东江镇也是大明的东江镇，不是毛文龙的私军，对于东江镇的安置他袁崇焕自有处置，同时宣布毛文龙死后东江镇分为四协，以毛承禄、徐敷奏、刘兴祚、陈继盛分管，由副总兵陈继盛暂时代管东江镇。
袁崇焕之所以这么做也是存了心思的，早在定计解决毛文龙之前袁崇焕就想好了怎么安排东江镇。
东江镇是毛文龙一手创立，毛文龙只有一个儿子那就是毛承斗，不过毛承斗年幼，在东江镇并无什么正式职务，相反他的义子毛承禄却是东江镇的骁将，现担任皮岛军右翼游击、内丁参将职务。
除此之外，毛文龙和其他将领一样好收义子，除去毛承禄外，还有义子毛永诗（孔有德）、毛有杰（耿仲明）、毛永喜（尚可喜）等，这些义子都是毛文龙最亲近的部下，也是不同于普通军将的群体，对毛文龙最为忠心。
毛文龙死后，对袁崇焕意见最大的就是他们了，而且他们聚集起来意图要给毛文龙讨一个说法，在他们看来毛文龙战功显赫，为国征战多年却居然落得如此下场，实在是冤枉到了极点，不甘毛文龙如此屈死，更对袁崇焕极为仇视。
以袁崇焕的脾气，直接杀了他们是最好的解决办法，可问题在于袁崇焕根本没办法向他们动手，因为这些人手中都掌握着东江镇的实际军队，是东江镇中的军中骨干。
一旦把他们也杀了，整个东江镇就彻底土崩瓦解了，那么他袁崇焕要拿下来东江镇干嘛呢？再说了，就算袁崇焕想杀也做不到，因为毛文龙死的这么不明不白，这些人已对袁崇焕有了防备，哪怕袁崇焕的官职再高，只要他们不出军营手里掌控军队，袁崇焕也拿他们没办法。
无奈之下袁崇焕只能做出把东江镇一分为四的办法，用其他三人去分他们手中军权，削弱他们在东江镇中的影响力。但这个办法也只能缓和一时，却解决不了根本问题，所以接下来谁来接替毛文龙东江镇的总兵之职迫在眉睫，但这个事不是袁崇焕能决定的，东江镇总兵这样级别的大将得由朝廷来任命，袁崇焕没有这个资格。
何况，毛文龙被杀后，袁崇焕必须向朝廷汇报这个事，这不是杀一个五六品的武官那么轻易，他杀的可是堂堂一品武将，还是太子太保呢。如此大事，必须禀告朝廷，把后续的手尾给弄干净才行，袁崇焕再胆大妄为也不能视朝廷不顾，所以他在解决了双岛和皮岛的事后，就给朝廷写了一封奏折，上面详细说明了自己为什么要杀毛文龙的原因，还把自己扣在毛文龙身上的罪名一一添加了进去，派人送往京师。
京师，乾清宫。
崇祯皇帝面前摆着一大堆奏折，这些奏折堆起来比他的人还高，放眼望去没有几百份也有一两百份了，这些奏折别说处理了，哪怕从头到尾看上一遍没一整天的功夫都难。
可偏偏崇祯皇帝每天都要看这些奏折，而且每一份都要看得仔仔细细，对奏折中的内容拿出自己的建议和看法，从不怠政。
说起来这也够呛的，也不知道这位年轻的皇帝哪里来的这么多精力？从大明开国以来做到这一步的恐怕也就太祖朱元璋了。
自太祖之后，大明历任皇帝从来就没像他这么干的，尤其是当宣宗时确定了皇帝、内阁、司礼监三方制度后，所有的奏折和朝廷大小事都是先由内阁过目，内阁给出意见后交由司礼监，司礼监复核后奏报皇帝批红即可。甚至在有些时候，司礼监权利大的直接替皇帝批红也是有的，皇帝除了一些大事，或者朝会中对国策做决定外，许多鸡毛蒜皮事全下放，根本就不用如此亲力亲为。
可这位崇祯皇帝倒好，无论大小事他根本就不撒手，明明可以由内阁处置或者司礼监代劳的统统他自己来干。说句好听的他是勤政，说句不好听的就是崇祯皇帝根本不信任何人，在他内心中大臣们不可靠，至于司礼监的太监们也不可靠，还是自己来处理最放心，皇帝当到他这种地步也算独一份了。
由于崇祯皇帝的这种做派，导致内阁的权利大大减弱，内阁阁老成了一个摆设。
司礼监也是如此，曹化淳和王承恩虽掌管司礼监，可曹化淳手中的权利根本就没有，他这个司礼监大太监的作用几乎成了内阁和皇帝之间的传声筒和橡皮图章，一切职权包括工作全给崇祯皇帝亲自办完了，王承恩就更不用说了，他一心只想着在崇祯皇帝身边伺候，至于其他的屁都不管，这样的态度反而让崇祯皇帝对他更为放心。
天色渐渐黑了，乾清宫的光线也随着太阳即将落山而暗了下来。
看着崇祯皇帝手中拿着奏折细看，因为光线的缘故有些看不清，身子侧过眼睛瞧着有些吃力的样子，一旁伺候的王承恩轻轻后退了几步，朝着不远处的小太监做了个手势。
小太监见了顿时会意，转身去了外面，片刻后带着几人拿着点亮的灯烛回到了殿中，把灯烛在崇祯皇帝左右摆好，随着灯烛的照明，崇祯皇帝看奏折上的字顿时清晰了许多。
看完手上的奏折，崇祯皇帝提朱笔在上面写了几个字，随后合起来摆到一旁。这时候他的目光朝左右点着的灯烛看了一眼，顿时微微皱起眉头。
“王伴伴！”
“奴婢在！”
“国家艰难，处处用钱，灯烛只点左手处即可，把右边的撤下去吧。”崇祯皇帝伸手朝着右边的灯烛指去，对王承恩说道。
王承恩连忙称罪，他没想到崇祯皇帝居然嫌弃点了两支灯烛太过浪费，这大明天子别说点两支灯烛了，哪怕就是点再多也是应该的啊！天黑了看奏折不应该亮堂些么？可这位皇爷倒好，居然节俭到了如此程度，偏偏要再撤掉一支，这简直让自己没话说了。
但王承恩哪里敢吐槽呀，皇爷如此交代就如此做吧，这位皇爷的脾气自己清楚的很，如果不安他的意思来办，说不定自己就得倒霉，当即王承恩急忙亲自上前弄灭了右边的灯烛，让小太监把它取走，随着右边灯烛拿走后，刚才还算明亮的御案瞬间暗下来不少，不过崇祯皇帝却根本不在意，继续取来一本奏折打开，略微凑近左手边的灯烛，继续细看了起来。
正当崇祯皇帝看得入神的时候，突然殿外传来了轻微而急促的脚步声，崇祯皇帝仿佛没听见，依旧在看奏折，而王承恩却微微皱起眉头，他退后几步往殿外方向走去，片刻后回到崇祯皇帝身边，低声禀报是司礼监接到急奏，曹化淳亲自送奏折来了。
崇祯皇帝也不以为然，摆手让王承恩把曹化淳带进来，片刻，曹化淳快步走了进来，见了崇祯皇帝磕头行礼。
“哪里来的急奏？”
“回皇爷，辽东急奏！”
“辽东急奏？可是袁崇焕的急奏？”前一刻还准备端起面前的茶水喝一口的崇祯皇帝后一刻顿时一愣，拿茶盏的手停在了半空，急急追问。
“正是袁崇焕的辽东急奏。”曹化淳双手托着奏折回道。
“快！快拿来给朕！”崇祯皇帝急忙道，王承恩连忙从曹化淳那边把奏折取过，接着回到崇祯皇帝身边递了给他。
这时候崇祯皇帝有些迫不及待了，他神色很是严峻，第一反应是辽东打起来了，要知道辽东建奴这两年可有点不太平，虽然袁崇焕去了后让自己放心不少，可问题辽东问题离解决还早着呢，难不成这一次建奴又出兵了？
当接过奏折，看到奏折上袁崇焕写的字迹，崇祯皇帝心里微微松了口气，这份奏折不是军报奏折，因为如果是军报奏折上面的行文是不一样的，而现在这份奏折行文用的是普通行文，这让崇祯皇帝放心了不少。
不过就算这样，崇祯皇帝对于袁崇焕的奏折还是很上心的，在他看来辽东事无大小，更何况这是他最看重并任命的蓟辽督师所上的奏折。
崇祯皇帝当即拆开奏折，展开后细看，原本以为奏折内容说的是关于辽东军备整顿一事，可当看了没几行，崇祯皇帝突然就愣住了，表情从平静变得错愕，接着由错愕变成了不可置信，随后又变成了无比的愤怒。
就连握着奏折的手也不由自主微微颤抖了起来，脸色更是难看到了极点。一旁的王承恩根本不知道这奏折里写了什么，而跪在不远处的曹化淳更是低头一声不吭，仿佛把脑袋都埋到了地上的金砖里头。
“呵呵……呵呵呵……哈哈……哈哈哈！好！好！好一个袁崇焕！好一个袁崇焕！他怎么敢？居然敢？”突然，崇祯皇帝发出了渗人的笑声，可这笑声没有半点喜悦，带着透骨的冷意，让王承恩忍不住就打了个寒颤。