日本军阀丰臣秀吉以武力统一了战国时代大名纷争的日本后，自感实力强大，迫不及待地发动对中国的战争。早在战国纷争阶段，他奉命征伐时，就说过“图朝鲜，窥视中华，此乃臣之素志”，1585年时说：“如今为已征服全日本，地位晋升，邻国在握，财富充裕，已无他求。唯望自己的名声和权势遗留后世。待日本诸事稳定后，将让日本于兄弟，自己为征服朝鲜和中华，决意渡海”。1587年他在给爱妾浅野氏的信中说：“在我生存之年，誓将唐（明）之领土纳入我之版图”。丰臣秀吉在出征前还信誓旦旦地对留守日本的幕僚说：“你们在家里等着吧！我军将很快占领朝鲜！三个月后我国将定都北京！半年后我们征服全中国，然后我在杭州定居！”。
日本只是几个贫瘠海岛组成的岛国，菲律宾也是岛国国土面积跟菲律宾差不多，但是菲律宾的自然资源比日本富裕得多，人口和经济实力也在日本之上，为什么西班牙人占领的菲律宾没有入侵中国的打算，而丰臣秀吉对入侵中国如此痴迷，而且如此自信和狂妄呢？原因很简单，菲律宾本地人绝大大多数是华侨或者华人后裔，华侨和华人都不会攻打自己的祖国。西班牙人占领菲律宾的目的是跟中国做生意，他们并不想跟生意伙伴作对，因此菲律宾不会入侵中国。
日本的最早的土著居民是冰河期末期从东南亚通过海路和陆路迁徙到日本列岛的古人类，土著居民在日本总人口中占比很小，日本的大多数非土著居民的祖先是从航海事业发达的中国东南沿海地区渡海而来的华人，正因为如此，日本人的住房、家具、服装和木屐，喜欢洗澡、吃鱼、喝米酒、吃米饭等习俗与中国江南、岭南等地区人文风俗非常相似，他们语言和文化也跟中国南方非常相似。
而日本贵族和门阀大多数是中国唐、宋、明等朝代因为朝代更迭、社会动荡而逃亡日本的大陆贵族、门阀和富商的后裔。明朝初年“靖难之变”时，有大批明朝贵族、军阀和富商逃亡日本，这些明朝初年的遗老遗少在日本社会有巨大的影响力，他们积极参与日本社会的经济建设和社会变革，他们大力支持和资助了丰臣秀吉的国内统一战争，以及对东亚大陆的战争，同时，这些明朝初年的遗老遗少很多是中华社党中人，他们与欧洲和美洲的列强势力有着千丝万缕的关系，他们给丰臣秀吉引入了欧洲和美洲列强势力的技术和帮助。因此丰臣秀吉才会如此自信和狂妄。
1592年明万历十九年、1597年万历二十五年，丰臣秀吉带领日军渡海杀人朝鲜半岛，但是最终他们都败给明军。
丰臣秀吉虽然失败了，但是他不计后果的勇敢行为，给日本、东北满清等中国外部势力入侵中国提供经验和信心，从此外部势力认为，中国并不是那么强大，只要方法得当，文武兼备，战胜任何敌人都有可能。
在丰臣秀吉对东亚大陆的战争鼓舞下，盘踞中国东北满清势力开始进行全面的侵华备战。
1616年（明万历四十四年）后金建立，标志着满清完成建军备战，准备旗帜鲜明地与明朝争夺天下。
1618年至1683年之间，明清战争爆发，战争亦演亦烈，最终导致明朝的彻底覆灭！1683年清军攻占台湾，消灭明郑王朝，至此清军消灭所有的明朝残余势力，标志明清战争全部结束。
明清战争初期，明朝朝廷的问题全部暴露无遗。第一，朝廷政令不通，朝廷命令无人执行，很多朝廷调往前线作战的部队拿不到补给和粮草，这些作战部队只能自谋生路，要么去抢劫百姓，要么落草为寇；第二，奸臣当道，勾结满清，残害战将，袁崇焕等战将被凌迟处死，导致明朝丧失民心和军心；第三，官商勾结，侵吞国库，压榨民间，导致国家无钱、无粮、无物资、无军备、无兵源，最终导致人民困苦，前线崩溃，国家灭亡！
1627年即明末天启七年，陕北爆发农民起义，王二、高迎祥、李自成、张献忠等部农民军从小到大，从分散到集中，从游击流动作战到运动流动作战，转战大江南北。
1644年即明崇祯十七年三月，李自成率领的大顺军发动北伐，攻占明北京，灭亡明朝朝廷，从此消灭明朝残余的战争全面打响。
崇祯十七年（大顺永昌元年，1644年）三月十五日（4月21日），大顺军抵达居庸关，监军太监杜之秩、总兵唐通不战而降，同时，大顺军刘芳亮部率领南路军，东出固关后，真定太守邱茂华、游击谢素福出降，大学士李建泰在保定投降。三月十六日，李自成部过昌平，抵沙河。十七日进高碑店、西直门，以大炮轰城，入午攻打平则门、彰义门、西直门。三月十七日半夜，守城太监曹化淳率先打开外城西侧的广宁门，农民军由此进入今复兴门南郊一带。三月十九日清晨，兵部尚书张缙彦主动打开正阳门，迎刘宗敏所部军。中午，李自成由太监王德化引导，从德胜门入，经承天门步入内殿。
三月十九日，大顺军攻克北京，明朝崇祯皇帝朱由检自缢身死，当天大顺皇帝李自成进入北京，标志着明朝的覆亡。
根据散落民间大顺朝廷史料记载，大顺军在清点明朝朝廷的财物时，发现朝廷金库已经空虚，国家文物、文史档案、科技档案、《永乐大典》等朝廷藏书全部丧失。大顺军通过对明朝朝廷官员和京城市民得知，在大顺军入城前几个月，有成千上万的马车和牛车将朝廷的各种物资和人员运往天津港，这些物资和人员都乘坐海船去了日本、琉球或南洋，甚至有人说，崇祯皇帝也逃跑了，那个吊死鬼是一个替身。这说明，有海外势力在有组织有计划地帮助明朝朝廷人员和物资出逃，这些海外势力肯定是欧洲和美洲的洪门、共济会和光明会等秘密社党。
顺治元年（大顺永昌元年，1644年）四月七日，满洲贵族调满、蒙、汉兵，几乎倾巢出动，由摄政王多尔衮率领南下。此次清军的行军路线，计划仍采用过去入关南下的路线，即绕过山海关，由长城突入。四月十五日，清军进至翁后（今辽宁阜新附近），接到镇守山海关的明辽东总兵吴三桂的“乞师”书，立刻改道向山海关进军，清军在明朝将领吴三桂的带引下大举进入山海关内。山海关，依山临海，形势险要，是明长城东部的”个重要关口。
吴三桂在李自成起义军攻入北京时，他已率精锐入山海关，李自成曾对其招降，不允，双方发生激战。顺治元年（1644年）四月二十一日，大顺军数千骑兵进逼山海关西罗城下，城北翼一支明军起义归顺李自成，山海关城陷在即。
顺治元年（大顺永昌元年，1644年）四月二十二日，清军疾驰至山海关，吴三桂开关迎入。在吴三桂与清兵两军合力下，李自成起义军寡不敌众，只好撤退，于是山海关大门洞开，清军大批进关驰入中原。
清兵进关后，见大顺军从北山至海边排列成一字长蛇阵，多尔衮即令清军沿近海处鳞次布列，吴三桂军排列于清军的右边，采取重点突破战术。这时正值大风扬尘，能见度很低，清军得以从容布阵。少顷，风止，多尔衮一声令下，清军呼啸出击，万马奔腾，飞矢如蝗。大顺军虽拼死抵抗，但强弱易形，兵员同吴三桂军已鏖战一昼夜，面对以逸待劳的清军很快就被击败，阵容大乱，大将刘宗敏也负了伤。李自成立马小岗阜上见败局已定，下令急速撤退。行至永平府范家店时，李自成决定将吴襄处斩。二十六日，回到北京，又杀吴三桂家属三十四口，可见李自成对吴三桂的勾引清兵、叛变欺诈极为痛恨。而吴三桂却在山海关战役刚刚结束就率领关辽军民剃发降清，由多尔衮承制封为平定王。
大顺军败回北京以后，李自成曾经考虑过据守北京，二十七、二十八两日采取了备战措施，责令军民火速拆除城外羊马墙及护城河旁房屋。但是，经过斟酌，大顺军领导人终于决定放弃北京，主动西撤。这是因为大顺军在北京地区不可能集中一支足以固守待援的兵力，跟踪而来的清军一旦围城，大顺政权的领导人物和败回兵将就可能成为瓮中之鳖；加上城内居民亲眼看到大顺军败阵而回的狼狈情况，讹言四起，潜在的敌对势力也待衅而动。在这种形势下，李自成断然决定二十九日在北京举行即位典礼后，立即率部西撤。离京前“分付阖城人民，俱各出城避难”，同时下令放火焚毁明代宫殿和各门城楼。大顺军撤退时，“城中扶老携幼西奔者络绎不绝”，一些明朝降官如龚鼎孳、涂必泓等人也自动随军西行 。这说明大顺政权在当时仍有相当威望，城中官民对此后局势的变化尚难逆料。
清军在山海关地区作了短暂的休整，即向北京进发。四月三十日晚上，多尔衮在蓟县获悉大顺军已经撤离北京，命令多铎、阿济格和吴三桂等带领精兵火速追击，目的是进一步重创大顺军，尽量截留被大顺军运走的金银财物。他自己率领部分兵力于五月初二日由朝阳门进入北京。当时北京城里的官绅士民并不清楚吴三桂已经投降清朝等情况，纷纷传说吴军杀败大顺军，夺回明太子朱慈烺，即将送回北京即位，因此准备了皇帝的卤簿法驾出城迎接。没想到昂然而来的是清摄政王多尔衮，许多人大吃一惊偷偷溜走，少数官僚则将错就错地把多尔衮迎入劫后仅存的武英殿，拜倒在爱新觉罗皇室脚下。
五月初八日，清军在庆都（今河北省望都县）城东追上大顺军。李自成命蕲侯谷英率兵阻击，被清军击败，谷英阵亡。接着，清军又在真定（今河北省正定县）再次获胜。大顺军在畿辅已无法立足，经井陉退入山西，留精兵扼守固关 。追击的清军于五月十二日返回北京。
清军占领北京之后，多尔衮严禁抢掠，停止剃发，为明崇祯帝朱由检发丧，博得了汉族士绅的好感，然后迎请顺治小皇帝赴京登基，很快稳定了占领区内的形势。顺治元年（1644年）六月，多尔衮与诸王贝勒大臣商议决定，迁都北京。清廷迁都北京既是出于统一中原、雄霸九州的目光，也是基于退可出关外的战略考虑。清廷以多尔衮为首者认为要“以图进取”，必须迁都北京，只有占据这个关口才能进而统一全国，“以建万年不拔之业”。八月二十日，清朝开始迁都。九月，顺治帝从盛京（沈阳）到达北京。 十月初一，顺治帝在皇极门（顺治二年改称太和门）向全国颁布登基诏书，清王朝正式定都北京，开始了以北京为都城的长达260多年的统治。
顺治元年（1644年）十月，清军分南北两路进攻大顺军：北路由英亲王阿济格、吴三桂、尚可喜率领经大同、榆林、延安南下，南路由豫亲王多铎、孔有德率领经河南进攻潼关。同时，肃亲王豪格率领的一部清军业已占领河南、山东一些地方。翌年（1645年）正月，多铎在潼关击败大顺军，李自成率主力连夜撤回西安。潼关为清军所占，入陕门户洞开。阿济格部清军进入陕北后，以一部分兵力围攻据守榆林、延安的李过、高一功部大顺军，自己领兵南下西安。自此，李过、高一功部被切断了往西安的退路，被迫放弃陕北，取道汉中，由四川入鄂。在清军两路重兵合击下，李自成不得不放弃西安，取道商洛、豫西，转入湖广襄阳。
占领西安后，清廷命多铎部东进南京，摧毁弘光政权，命阿济格部继续追击大顺军。此时，50万大顺军已是军心涣散、纪律松懈、指挥混乱，在清军追击下，在襄阳、九江等地连败十三仗，丧失了全部辖地。五月，李自成率兵一部退至湖北通山县九宫山时，遭当地地主武装袭击，不幸牺牲，大顺政权遂而瓦解。其余部30余万后来在李过、李来亨等领导下与南明政权联合，继续抗清，最后于康熙三年（1664年）失败。
张献忠的大西政权由于地处四川一隅，对全局无太大影响，所以清廷在摧毁大顺政权和弘光政权之后，开始把注意力转向割据一方的大西军。顺治三年（1646年），豪格率清军由陕西入川，征讨“大西”政权。十一月，清军对张献忠在西充的大营发动了凌厉的攻势，农民军兵败如山倒，张献忠也在此役中中箭身亡。大西政权随之瓦解。其余部在孙可望、李定国领导下南走云贵，逐步走上联明抗清的轨道，成为永历朝的军事支柱。后来孙可望投清，李定国继续斗争，坚持到清康熙元年（1662年），最后失败。
明朝灭亡后，福王朱由崧监国南京，后即皇帝位，改元弘光。在面临战争这个关系命运存亡的问题上，也是举足失措。他们天天讲“讨贼”、喊“中兴”，报君父之仇，把主要危险和敌人看成是李自成和张献忠等农民军，以全力防御。其实他们对北方的情况一点也不了解，还看不到威胁南明存亡的已不是农民军，恰恰是清政权。六月间，史可法在《款清灭寇疏》中，还强调：“目前最急者，无逾于办寇矣。”事实是，农民军已被清、吴军击败，退到陕西后，一蹶不振了。而清已据有北京及其畿辅地区，正在准备南下。史可法及南明决策人还不以为意，说：“但清既能杀贼，即是为我复仇。予以义名，因其顺势，先国仇之大而特宥其前辜，借兵力之强而尽歼其丑类，亦今日不得不然之着数也。”他们把清入京看成是帮助明朝复仇的友好举动，主张继续借用清兵全歼农民军。与清议和，实行“联虏击寇”的方针，是举朝一致的意见，已成为南明一项国策。
顺治二年（1645年）四月辛未，清军围攻江北重镇扬州。督师江北的兵部尚书史可法率城中百姓抵御清军，最终扬州在被围五天后沦陷。清军攻破扬州之后进行了十天屠杀，史称“扬州十日”。五月初八己丑，清军自瓜洲渡江。清军攻克南京后，多铎命降将刘良佐带清兵追击弘光帝。五月二十二日癸卯，总兵田雄、马得功、丘钺、张杰、黄名、陈献策冲上御舟，劫持弘光帝，将其献给清军。豫王多铎命去锁链，以红绳捆绑。五月二十五日丙午，朱由崧乘无幔小轿入南京聚宝门，头蒙缁素帕，身衣蓝布袍，以油扇掩面，两妃乘驴随后，夹路百姓唾骂，有投瓦砾者。多铎在灵璧侯府设宴，命朱由崧居于北来太子之下。宴罢，拘弘光帝于江宁县署。
弘光政权覆灭后，东南地区先后又出现了两个明政权。顺治二年（1645年）闰六月二十七日，张肯堂、黄道周、郑芝龙等旧明官僚拥立唐王朱聿键在福州即位，年号隆武，是为隆武政权。次日，张国维、张煌言等另一批旧明官僚拥鲁王朱以海监国于绍兴，是为鲁王政权。两政权都占有一定地盘，拥有一定兵力，但政治腐败、内部分裂，相互间不能协同作战。
顺治三年（1646年）正月，清廷命博洛为征南大将军，南下浙、闽。五月，清军趁天旱水浅之机渡过钱塘江，鲁王江上诸军皆溃。六月，清军攻占绍兴，鲁王逃往台州。不久，浙东政权军事统帅方国安以及马士英等降清，宁波、温州、义乌等地失守，清军据有浙江大部。鲁王逃往海上，先后依靠郑彩、张名振、张煌言、郑成功等保护。顺治八年（1651年）九月，浙东政权的最后根据地舟山岛被清军攻占。鲁王往依郑成功。顺治十年（1653年）自去“监国”号，浙东政权结束。博洛攻占浙江后，立即挥师南下，分兵两路经衢州、广信（今江西上饶）扑向福建的隆武政权。金声桓部清军则开始攻赣州，进迫福建，切断唐王与湖广的联系。同时，隆武政权掌握兵权的郑芝龙暗中降清，“尽撤关隘水陆诸防”，使清军从容越过福建的门户——仙霞岭，八闽望风瓦解。朱聿键由延平急奔汀州。清赵布泰军经崇安进占福州，郑芝龙率11万军队投降。接着，清军攻占漳州、泉州、兴化（今福建莆田）等地。隆武帝又为清兵追骑捕获，押回福州处死。隆武政权覆灭。福建、江西尽为清军所占。
顺治三年（1646年）桂王朱由榔在丁魁楚、瞿式耜等支持下在肇庆称帝，是为永历政权。清军占领湖南、两广后即部署云贵战事，但是在顺治九年至十三年（1652年至1656年）间，永历政权在西南以大西军为主，在东南以郑成功、张煌言为主，举行东征和北伐，迫使清廷对云贵的军事行动中断了四五年之久。顺治十六年（1659年）二月，李定国在磨盘山（今云南腾冲、龙陵间）伏击清军失败，被迫退走边境。永历帝见大势已去，遂入缅甸。顺治十八年（1661年），清军以内大臣爱星阿为定西将军自腾越发兵，分两路追击逃缅明军，南明军受到重大打击。十二月，永历帝被缅人交出，翌年，被吴三桂绞死于昆明。不久，李定国病逝于勐腊。南明政权至此彻底灭亡。清军从入关到消灭南明政权花了18年的时间，入关战争遂告结束，清朝终于建立起对全国的统治。