取到神奇宝贝蛋后，天宇一行人继续朝着若叶镇前行。
众人在路上休息的时候，小智怀中的神奇宝贝蛋散发出微弱的白光，眼看就有孵化的迹象。
小智赶忙将蛋从孵化器中取出，但很快光芒就散去，又变回原来的样子。
“还是不行啊。”
“看样子还要再等一段时间他才会孵化。”
小刚和小霞面露失望，小智想到通过提高蛋的温度帮他孵化，二话不说便把蛋放到衣服里孵化。天宇看到这一幕差点吐了出来，这一幕太辣眼睛了。
“小智，孵化器里面有保温效果，不必这样。”
天宇刚刚说完，神奇宝贝蛋在小智怀里发出耀眼的光芒，由基拉在小智怀里孵化出来。
精灵：由基拉
属性：岩石、地面
招式：猛撞、瞪眼、咬住、噪音、觉醒力量（遗传）
等级：1
特性：毅力
资质：准神
天宇看到后人都傻了，这是什么鬼，原着有这一段吗？
不过在由基拉孵化以后，众人很快就察觉到，由基拉有些不对，身体的体温实在是太低了。
天宇让小智继续把由基拉放到怀里保温，同时查询附近的神奇宝贝中心，找到最近的神奇宝贝中心为由基拉检查身体。
来到神奇宝贝中心后，乔伊小姐经过检查，由基拉的身体并没有异常，但体温却始终无法升高。
没有办法，乔伊小姐先联系空木博士说明一下情况。
此时的空木博士正在码头迎接客人，来的正是大木博士及小智的妈妈花子，以及天宇的母亲雪月和妹妹天天。
“欢迎光临，大木博士。”
“好久不见了，空木，向你介绍一下，这两位是小智和天宇的母亲，还有这位是天宇的妹妹天天。”
空木博士和大木博士打了个招呼，花子和雪月也上前微微点头，向空木博士这段时间对天宇和小智的照顾表达感谢。天天有一些害羞，只敢躲在雪月身后打招呼。
几人打过招呼之后，商量着一会见到天宇和小智以后该怎么吓唬他们。
商量过后，众人决定扮成僵尸来吓唬他们。
另一边乔伊小姐给空木博士打电话也没有人回应，由基拉的情况不太妙，天宇也试过用常磐之力给由基拉疗伤，但身上根本没什么伤痕，体温却逐渐降低。
天宇记得剧情，由基拉是因为心灵受到伤害，所以才会变成这样。想要让由基拉恢复过来，要先过了他心里那一关。
不幸的是，这时候神奇宝贝中心因为打雷停电，供暖系统也一并坏了。
见状，乔伊小姐便要出门检查。天宇不放心乔伊小姐一个人出去，便跟着一起去看看。
临走之前，天宇让小智用火系神奇宝贝帮助由基拉保持体温，同时让拉帝亚斯用治愈波动维持住由基拉的情况。小智点了点头，放出火岩鼠和拉帝亚斯，天宇才放心离开。
天宇和乔伊小姐来到自动发电机处，这里已经冒出了浓烟，乔伊小姐猜测是被雷劈坏的，但天宇一眼就看出是人为。
常磐之力检测到草丛里躲藏的喵喵，天宇这时候可没时间陪他们耽误，直接让电击魔兽用十万伏特打飞他们。
火箭队三人组怎么都没想到，计划还没实行就被对方发现了，只能好讨厌的感觉退场。
赶走火箭队后，天宇和乔伊小姐坚持了自动发电机，很遗憾已经被火箭队彻底搞坏了，根本修不好。
没有办法，天宇只好联系系统有没有什么办法。系统确实有解决办法，但却不建议天宇这么做。
‘叮，宿主，您不是不愿意抢走天命之子的机缘吗？您觉得没有您的帮忙，天命之子小智就无法拯救由基拉了吗？’
系统的回复让天宇陷入了沉思，确实，自己有的时候确实做的太多了。即使没有自己，小智一样可以拯救由基拉，这也是他和由基拉牵绊的开始。
最终天宇选择尊重原着，相信小智可以唤醒由基拉，最后真的来不及了天宇再出手。
神奇宝贝中心一片黑暗，好在这时候空木博士看到了乔伊小姐的留言，赶忙带着大木博士一行人赶到神奇宝贝中心。
在两位博士的努力下，由基拉恢复了体温，也逐渐清醒过来，只不过脸上的表情很怪，丝毫没有笑意。
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为了帮助由基拉恢复精神，小智带着由基拉去外面看看这个世界，让他学会享受这个世界。
但就在这个时候，不合群的火箭队三人组又出现了。
“既然你诚心诚意地发问了。”
“我们就大发慈悲地告诉你。”
。。。
“就是这样，喵。”
火箭队操控机器人要捕捉由基拉，小智和皮卡丘出手阻拦，却都被火箭队抓住了。
关键时刻，由基拉使出惊人的噪音，声音吵得震耳欲聋。在不远处陪伴天天玩耍的天宇听到了噪音，察觉到情况不妙，赶快上去查看情况。
此时的由基拉回想起昨晚小智给他的陪伴及关心，回想起这些，由基拉爆发出惊人的力量，将火箭队的机器人直接打飞了。
天宇赶到的时候，事情
已经结束了，此时的由基拉在小智的鼓励下已经逐渐振作起来了。天宇不得不承认，这一次多亏听了系统的话，依靠药物，绝对不可能让由基拉恢复的这么好。
其他人也看到由基拉的状况，纷纷上前表示祝贺，但由基拉似乎对小智以外的人还是感到恐惧。
众人跟随空木博士回到若叶镇，天宇和小智在若叶镇报名参加成都联盟的白银大会。
报过名后，天宇一行人即将进行特训，之后便去往白银山参加白银大会。
临走之前，空木博士将由基拉交给小智，希望他能代为照顾，顺便送到白银山的神奇宝贝中心。小智接下了空木博士的委托，暂时照顾起由基拉。
告别了空木博士，众人再度踏上旅程，商量着该去往哪里训练的时候，天宇一行人遇到了成都地区三圣兽的最后一位，雷公。
精灵：雷公
属性：电
招式：打雷、减半反射。。。
等级：130
特性：压迫感
资质：二级神（神职）
“两位虹之勇者，请尽快完成你们的旅程，凤王大人正在等着你们的到来。”
说完这句话后，雷公便消失了。天宇和小智对视一眼，看样子计划要改变了，终于要去寻找传说中的凤王了。